Alla morte di [[papa Teodoro II]] (fine dicembre 897/inizio gennaio 898<ref>cfr. [[Papa Teodoro II]]</ref>), scoppiarono violente lotte tra la fazione formosiana (di tendenza filo-germanica) e l'antiformosiana (filo-spoletina): se questi ultimi (partigiani del defunto [[papa Stefano VI]]) insediarono [[Papa Sergio III|Sergio]], vescovo di Caere (l'odierna [[Cerveteri]]), i primi elessero Giovanni. La diatriba durò poco tempo: nell'arco di qualche giorno il partito formosiano ebbe il sopravvento, cacciò Sergio<ref>Sergio riuscì a salire sul Soglio di Pietro sei anni dopo divenendo [[papa Sergio III]].</ref> e confermò l'elezione di Giovanni<ref name=":1" />, che dunque si insediò tra il dicembre dell'897 e il gennaio dell'898<ref name="Vat1">{{Cita web|url = https://w2.vatican.va/content/vatican/it/holy-father/giovanni-ix.html|titolo = Giovanni IX|accesso = 5 gennaio 2015|editore =vatican.va}}</ref> o tra il gennaio e il febbraio dell'898<ref name=":1" />.
