Nel 2005, un video online che mostrava clip di SpongeBob e altri cartoni per bambini con di sottofondo la canzone "[[We Are Family]]" per promuovere la diversità e la tolleranza, è stato attaccato da un gruppo [[Evangelicalismo|evangelico]] negli Stati Uniti, i quali hanno visto il cartone come mezzo per sostenere l'[[omosessualità]].<ref>{{cita web |url= http://news.bbc.co.uk/2/hi/americas/4190699.stm |autore= BBC Staff |data=20 gennaio 2005 |titolo=US right attacks SpongeBob video |sito= BBC News |lingua=inglese}}</ref> James Dobson di ''Focus on the Family'' ha accusato il video per lo stesso motivo perché sponsorizzato da un gruppo pro-tolleranza.<ref>{{cita web |url= https://usatoday30.usatoday.com/life/television/2005-01-22-kids-video_x.htm |titolo= SpongeBob, Muppets and the Sister Sledge writer suffer criticism |sito=USA Today |data= 22 gennaio 2005 |lingua=inglese}}</ref> L'evento fece sorgere la domanda se SpongeBob fosse gay, sebbene il creatore della serie [[Stephen Hillenburg]] lo avesse negato tre anni prima, definendo il personaggio come "un po' [[Asessualità|asessuato]]".<ref name=1:/> Dopo i commenti di Dobson, Hillenburg ha riaffermato la sua posizione, affermando che la preferenza sessuale del protagonista non avesse un ruolo fondamentale nella serie.<ref>{{cita web |url= https://people.com/celebrity/spongebob-asexual-not-gay-creator/ |autore= Stephen M. Silverman |data=28 gennaio 2005 |titolo=SpongeBob Asexual, Not Gay: Creator |sito=People |lingua=inglese}}</ref> Dobson in seguito ha detto che i suoi commenti sono stati presi fuori contesto e le sue lamentele originali non riguardavano SpongeBob, il video o qualsiasi altro personaggio nel video, ma l'organizzazione che ha sponsorizzato il video, la ''We Are Family Foundation''; Dobson ha anche detto che essi avevano pubblicato materiale pro-gay sul loro sito web, ma che in seguito lo rimossero.<ref>{{cita web |url= https://www.christianpost.com/article/20050128/20875.htm |autore= Pauline J. Chang |data=28 gennaio 2005 |titolo=Dobson clarifies Pro-Gay SpongeBob Video Controversy |sito=The Christian Post |lingua=inglese}}</ref> Dopo la controversia, John H. Thomas, ministro e presidente generale della [[Chiesa unita di Cristo]], ha detto che avrebbero accolto SpongeBob nel loro ministero, e che "Gesù non ha allontanato le persone. Nemmeno noi".<ref>{{cita web |url=https://web.archive.org/web/20070627121737/http://www.nbr.co.nz/home/column_article.asp?id=11260&cid=1&cname=Media |autore= Francis Till |data=4 febbraio 2005 |titolo=Ministry celebrates SpongeBob: Gay, happy, yellow, orange, whatever, he's welcome |sito=National Business Review |lingua=inglese}}</ref>
Il [[Teoria queer|teorico queer]] Jeffery P. Dennis ha sostenuto che SpongeBob e Sandy non fossero innamorati, ma ha aggiunto che credeva che SpongeBob e Patrick fossero "accoppiati con un'intensità probabilmente erotica".<ref>{{cita web |url= http://www.icce.rug.nl/~soundscapes/VOLUME06/Queertoons.shtml |autore= Jeffery P. Dennis |titolo=Queertoons |sito=Soundscapes |lingua=inglese}}</ref> Il sito web [[Ucraina|ucraino]] ''Family Under the Protection of the Holy Virgin'' (descritto come un gruppo "cattolico marginale" dal ''[[Wall Street Journal]]'') ha criticato la serie per la sua presunta "promozione dell'omosessualità".<ref name=wsj>{{cita web |url= https://www.wsj.com/articles/BL-NEB-5854 |autore= James Marson |data=15 agosto 2012 |titolo=Ukraine's Morality Police Probe 'Gay' SpongeBob |sito=The Wall Street Journal |lingua=inglese}}</ref> Lo stesso gruppo ha cercato di bandire la serie dal paese, insieme a molti altri cartoni popolari.<ref name=wsj/> Le domande sulla sessualità di SpongeBob sono riemerse nel 2020 dopo che l'account [[Twitter]] ufficiale di Nickelodeon ha pubblicato un'immagine del personaggio con la [[bandiera arcobaleno]] e un testo che celebrava la comunità [[LGBTQ]] durante il Pride Month. Sebbene il post non facesse alcuna affermazione sull'orientamento sessuale di SpongeBob, numerosi utenti hanno risposto sui social media sostenendo che avevano già i loro sospetti che il personaggio potesse essere gay o riaffermando la descrizione dell'asessualità di Hillenburg.<ref>{{cita web |url= https://eu.usatoday.com/story/entertainment/tv/2020/06/13/nickelodeons-pride-tweet-reignites-debate-spongebobs-sexuality/3184582001/ |autore=Ali Rasha |data=13 giugno 2020 |titolo=Nickelodeon's Pride Tweet Reignites Debate On SpongeBob's Sexual Orientation |sito=USA Today |lingua=inglese}}</ref>
