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Lungo il cammino Zack ha l'opportunità di parlare con Sephiroth. A quanto pare le sue origini sono misteriose anche a lui stesso. Non sa dov'è nato perché sua madre è morta quando lui era piccolissimo ed è stato subito preso dalla Shinra. A Zack sembra venire in mente qualcosa che non riesce bene a spiegare quando Sephiroth gli dice il nome di sua madre: Jenova. Arrivati a Nibelheim, Sephiroth dà a tutti un giorno per riposarsi prima di iniziare il servizio di pattuglia e a Cloud dà il permesso di visitare i propri genitori.
Il giorno seguente la squadra conosce la propria guida per i territori impervi del luogo: una giovane ragazza chiamata [[Personaggi di Final Fantasy VII#Tifa Lockhart|Tifa Lockhart]]. Cloud sembra stranamente ascosso disagiodal convederla e indossa il suo elmetto per nascondersi da lei, vergognandosi di non essere riuscito a mantere la loro promessa. I giorni passano e il gruppo continua a falcidiare mostri vicino agli stabilimenti Shinra locali, finché non raggiungono una strana postazione. Sephiroth impedisce a tutti tranne che a Zack di entrare poiché si tratta di uno stabilimento top secret. All'interno i due SOLDIER trovano un gruppo di grandi incubatrici collegate a un portale blindato sul quale campeggia la scritta "Jenova". Sephiroth, visibilmente a disagio, invita Zack a guardare dentro le incubatrici: contengono degli orrendi mostri antropomorfi. Nel periodo in cui stava svolgendo le sue ricerche, Sephiroth ha scoperto dell'esistenza di Jenova, un corpo di provenienza sconosciuta rinvenuto in un ghiacciaio vecchio di duemila anni, le cui cellule hanno rivelato capacità e poteri sorprendenti. La Shinra ha preso possesso della creatura e ne ha studiato le potenzialità, affidando a Hojo il compito di gestire una stazione segreta in cui dei mostri dalla struttura cellulare perfetta e dalla forza assoluta potessero crescere alimentati dal potere di Jenova. Sephiroth è sconvolto e inizia a pensare che anche lui possa essere frutto di quegli esperimenti.
A peggiorare la situazione arriva Genesis, che aveva solamente simulato la propria morte per evitare che la Shinra gli desse ancora la caccia, e svela a Sephiroth la verità sulle sue origini: lui è una creatura perfetta, le cui cellule sono in grado di autorigenerarsi, l'ultimo stadio del PROGETTO G. Genesis non vuole combatterlo, vuole solo che Sephiroth utilizzi il potere delle sue cellule per fermare il degrado che sta ormai portandolo alla morte, ma Sephiroth rifiuta di aiutarlo. Genesis allora lo attacca e i due portano il combattimento fuori di lì. Zack si allontana, ma trova solo Tifa che cerca di aiutare Cloud, colpito da Genesis mentre scappava. Lo riportano a Nibelheim.
Arrivati al villaggio, Cloud, ripresosi, si scusa con Zack, i due parlano di Tifa e glidi come Cloud senta di non essere abbastanza forte. In seguito dice a Zack di aver visto Sephiroth andare verso il vecchio palazzo Shinra, di proprietà del presidente della Shinra e di suo figlio Rufus e dove il reparto scientifico aveva iniziato a fare i primi esperimenti sul Mako e i suoi poteri. Zack trova Sephiroth nella biblioteca sotterranea del palazzo, intento a studiare con frenesia gli appunti che contiene sugli esperimenti e le ricerche, scoprendo che Jenova è l'ultimo esemplare della prima generazione di Antichi, una razza che popolava il pianeta due millenni prima e con poteri straordinari. Sephiroth prega Zack di lasciarlo solo.
Sette giorni dopo, Zack trova ad attenderlo al risveglio una sorpresa sconvolgente: Sephiroth ha dato Nibelheim alle fiamme e ha ucciso tutti i suoi abitanti, e paralizzato dallo sgomento non riesce a impedirgli di andarsene. A terra c'è Cloud, ferito, ma vivo, che gli dice che Tifa e suo padre sono andati a fermare Sephiroth, ma non sa dove. Zack allora corre allo stabilimento di contenimento per Jenova, dove trova il padre di Tifa morto riverso in un angolo e Tifa svenuta in terra e, furibondoperciò, si prepara ad affrontare il suo ex-idolo. Sephiroth si trova di fronte all'incubatrice che contiene Jenova e le parla chiamandola "madre", dicendole di aver avuto un'epifania: il pianeta e i suoi poteri appartengono di diritto alla loro razza, non agli uomini inferiori e avidi che li hanno segregati e hanno iniziato a uccidere il
pianeta con la loro bramosia per ottenere il Mako, e perciò il mondo dev'essere epurato dagli uomini. Zack attacca Sephiroth e i due iniziano a combattere, e nonostante i tentativi di difendersi di Zack, Sephiroth riesce a disarmarlo e a scagliarlo all'esterno della struttura, per poi tornare da sua madre, in una sorta d'estasi. Cloud si è ripreso, arrivando al reattore e dopo aver visto Tifa, approfittandostesa sul pavimento, furioso, si approfitta della distrazione dell'avversario, afferra la Spada Potens e gli trapassa la colonna vertebrale; mentre Sephiroth è svenuto, si reca a prendersi cura di Tifa. Sephiroth esce dalla stanza con sottobraccio la sola testa di Jenova, mortalmente ferito, ma ancora abbastanza in forze per trafiggere il petto di Cloud. Questo con una forza che non credeva possibile afferra con forza la stessa lama che lo ha trafitto e scaglia Sephiroth contro un muro, facendolo precipitare nel pozzo per l'estrazione del Mako, per poi svenire.
=== Fuggiaschi ===
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