Il 30 novembre 1997 è stato eletto [[Sindaci di Genova|sindaco di Genova]] per la coalizione di [[centrosinistra]] con il 51,5% dei voti.
Alla scadenza del primo mandato si è ripresentato alle amministrative del Comune di Genova del maggio 2002, come candidato unico della coalizione di centro-sinistra, ed è stato eletto al primo turno per un secondo mandato con il 60,3% dei voti. Come primo cittadino del capoluogo ligure ha gestito la riunione del tormentato [[Fatti del G8 di Genova|G8 del 2001]], e gli eventi relativi alla proclamazione di Genova come Capitale europea della cultura nel 2004 ed i lavori di prolungamento della [[Metropolitana di Genova|linea di metropolitana cittadina]] dalla [[Stazione di Genova Piazza Principe|stazione ferroviaria di Piazza Principe]] alla centrale [[piazza De Ferrari]] attraverso la zona del [[Porto antico di Genova|Porto antico]]. È stato membro del Consiglio Nazionale dell’ANCI, del Coordinamento dei Sindaci delle Città Metropolitane, della Conferenza unificata Stato-Regioni-Amministrazioni locali, del Comitato delle Regioni dell’Unione Europea nonché del Comitato Esecutivo di Eurocities.
NegliDurante anni dei suoii due mandati dadi Pericu come sindaco di Genova,lasono suaripresi giuntadopo haalcuni realizzatoanni quattrodi nuovefermo stazionii lavori di prolungamento della [[metropolitana di Genova|linea di metropolitana cittadina]], che dalla [[Stazione di Genova Piazza Principe|stazione ferroviaria di Piazza Principe]] ha raggiunto il centro storico attraverso la zona del [[Porto antico di Genova|Porto antico]], con l'apertura di quattro delle otto stazioni ad oggi in servizio ([[San Giorgio (metropolitana di Genova)|San Giorgio]], [[Darsena (metropolitana di Genova)|Darsena]], [[De Ferrari (metropolitana di Genova)|De Ferrari]], e [[Sarzano/Sant'Agostino]]) delle otto totali esistenti oggi. E'Pericu resta tuttora il sindaco di Genova che ha inaugurato il maggior numero di stazioni della metropolitana e che ha contributo maggiormente allaall'estensione suadella estensionemetropolitana.
Il 24 ottobre 2005 gli è stata conferita la Laurea Honoris Causa in Scienze Giuridiche dall’[[Università di Bologna]] e il 4 luglio 2006 la Florida International University gli ha consegnato la FIU Medallion.
