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Le megattere sono state oggetto di caccia fin dalla fine del XVI secolo.<ref name=iucn/> A causa della loro predilezione per le zone costiere, erano spesso la prima specie ad essere sfruttata quando i balenieri si spingevano in una nuova area.<ref name=Perrin/> Prima della caccia commerciale, è possibile che il numero complessivo di esemplari raggiungesse le {{M|125000}} unità. Si stima che nel solo Pacifico settentrionale, in tutto il XX secolo, siano stati uccisi {{M|28000}} esemplari.<ref name=plan/> Nello stesso periodo, nell'emisfero australe ne vennero uccise {{M|200000}}.<ref name=Perrin/> Le popolazioni dell'Atlantico settentrionale furono ridotte ad appena 700 individui.<ref name=plan/> Nel 1946, allo scopo di supervisionare la caccia, venne fondata la [[Commissione internazionale per la caccia alle balene|Commissione baleniera internazionale]] (''International Whaling Commission'', IWC). Vennero introdotte regolamentazioni e istituite stagioni di caccia. Per impedirne l'[[estinzione]], nel 1966 l'IWC proibì la caccia commerciale alle megattere. Allora, la popolazione complessiva si era ridotta a circa {{M|5000}} esemplari.<ref name=baker>{{cita pubblicazione | autore=C. S. Baker, A. Perry, J. L. Bannister, M. T. Weinrich, R. B. Abernethy, J. Calambokidis, J. Lien, R. H. Lambertsen e J. U. Ramírez | data=settembre 1993 | titolo=Abundant mitochondrial DNA variation and world-wide population structure in humpback whales | rivista=[[Proceedings of the National Academy of Sciences]] | volume=90 | numero=17 | pp=8239-8243 | doi=10.1073/pnas.90.17.8239 | pmid=8367488 | pmc=47324 | bibcode=1993PNAS...90.8239B}}</ref> Per aggirare le restrizioni, l'Unione Sovietica dichiarava deliberatamente un numero inferiore di catture: appena {{M|2820}} tra il 1947 e il 1972, quando il numero effettivo superava le {{M|48000}} uccisioni.<ref name=yablokov>{{cita pubblicazione | rivista=Whales Alive! | editore=Cetacean Society International | volume=6 | numero=4 | titolo=On the Soviet Whaling Falsification, 1947–1972 | autore=Prof. Alexey V. Yablokov | anno=1997 | url=http://csiwhalesalive.org/csi97403.html | accesso=23 aprile 2007 | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20110720200901/http://csiwhalesalive.org/csi97403.html | urlmorto=sì}}</ref>
Attualmente, la caccia è limitata al prelievo di pochi esemplari ogni anno al largo dell'isola caraibica di [[Bequia]] a [[Saint Vincent e Grenadine]].<ref name=Recplan91>{{cita libro | anno=1991 | titolo=Recovery Plan for the Humpback Whale ''(Megaptera novaeangliae)'' | autore=Humpback Whale Recovery Team | editore=National Marine Fisheries Service | città=Silver Spring, Maryland | p=105}}</ref> Gli studiosi ritengono che il prelievo
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