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I giaguari [[Melanismo|melanici]] sono noti anche come [[PantheraPantera nera|pantere nere]]. La [[Polimorfismo (biologia)|forma]] nera è meno comune di quella maculata.<ref>{{cita libro | autore=D. E. Brown e C. A. Lopez-Gonzalez | anno=2001 | titolo=Borderland jaguars: tigres de la frontera | editore=University of Utah Press | città=Salt Lake City, UT}}</ref> La loro presenza è stata documentata sia in America centrale che meridionale. Nel giaguaro il melanismo è dovuto a delezioni nel gene del recettore della melanocortina 1 e viene ereditato attraverso un [[Dominanza (genetica)|allele dominante]].<ref>{{cita pubblicazione | autore=E. Eizirik, N. Yuhki, W. E. Johnson, M. Menotti-Raymond, S. S. Hannah e S. J. O'Brien | anno=2003 | titolo=Molecular Genetics and Evolution of Melanism in the Cat Family | rivista=Current Biology | volume=13 | numero=5 | pp=448-453 | doi=10.1016/S0960-9822(03)00128-3 | pmid=12620197 | s2cid=19021807}}</ref>

Nel 2004, una fototrappola sulle montagne della [[Sierra Madre Occidentale]] catturò le immagini del primo giaguaro nero documentato nel Messico settentrionale.<ref name=Dinets>{{cita pubblicazione | autore=V. Dinets e P. J. Polechla | anno=2005 | titolo=First documentation of melanism in the jaguar (''Panthera onca'') from northern Mexico | rivista=Cat News | volume=42 | p=18 | url=http://dinets.travel.ru/blackjaguar.htm | urlmorto=sì | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20060926024755/http://dinets.travel.ru/blackjaguar.htm}}</ref> Altri giaguari neri sono stati segnalati nella riserva biologica Alberto Manuel Brenes in Costa Rica, sulle montagne della [[Cordigliera di Talamanca]], nel [[parco nazionale Barbilla]] e nella parte orientale di [[Panama]].<ref>{{cita pubblicazione | autore=M. C. Núñez e E. C. Jiménez | anno=2009 | titolo=A new record of a black jaguar, ''Panthera onca'' (Carnivora: Felidae) in Costa Rica | rivista=Brenesia | volume=71 | pp=67-68 | url=https://www.researchgate.net/publication/313473228 | accesso=12 aprile 2021 | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20211129021258/https://www.researchgate.net/publication/313473228_New_record_of_a_black_jaguar_Panthera_onca_Carnivora_Felidae_in_Costa_Rica | urlmorto=no}}</ref><ref>{{cita pubblicazione | autore=M. S. Mooring, A. A. Eppert e R. T. Botts | anno=2020 | titolo=Natural Selection of Melanism in Costa Rican Jaguar and Oncilla: A Test of Gloger's Rule and the Temporal Segregation Hypothesis | rivista=Tropical Conservation Science | volume=13 | pp=1-15 | doi=10.1177/1940082920910364}}</ref><ref>{{cita pubblicazione | autore=C. Sáenz-Bolaños, V. Montalvo, T. K. Fuller e E. Carrillo | anno=2015 | titolo=Records of black jaguars at Parque Nacional Barbilla, Costa Rica | rivista=Cat News | numero=62 | pp=38-39}}</ref><ref>{{cita pubblicazione | autore=M. Yacelga e K. Craighead | anno=2019 | titolo=Melanistic jaguars in Panama | rivista=Cat News | numero=70 | pp=39-41 | url=https://www.academia.edu/41977728 | accesso=17 aprile 2021 | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20211129021257/https://www.academia.edu/41977728 | urlmorto=no}}</ref>