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Il giaguaro è minacciato dalla [[Distruzione dell'habitat|perdita]] e dalla [[Frammentazione ambientale|frammentazione]] dell'habitat e dalle uccisioni illegali, sia come rappresaglia per le aggressioni al bestiame che per il commercio illegale di parti del suo corpo. Figura come «[[specie prossima alla minaccia]]» sulla [[Lista rossa IUCN|lista rossa della IUCN]] dal 2002, in quanto la sua popolazione è probabilmente diminuita del 20-25% dalla metà degli anni '90. La [[Diboscamento|deforestazione]] costituisce una grave minaccia in tutto il suo areale. La perdita dell'habitat è stata più rapida nelle regioni più secche, come le [[pampa]]s argentine e le praterie aride del Messico e degli Stati Uniti sud-occidentali.<ref name=iucn/>

InNel 2002, itvenne wasstimato estimatedche thatl'areale thedel rangegiaguaro ofsi theera jaguarridotto hada declinedcirca to aboutil 46% ofdi itsquello rangeche inera theall'inizio earlydel 20thXX centurysecolo.<ref name=Sanderson2002 /> InNel 2018, itè wasstato estimatedstimato thatche itsl'areale rangefosse haddiminuito declined bydel 55% innell'ultimo the last centurysecolo. TheL'unica onlyroccaforte remainingrimasta strongholdè isla theforesta Amazonpluviale rainforestamazzonica, auna regionregione thatche issi rapidlysta beingrapidamente fragmentedframmentando bya deforestationcausa della deforestazione.<ref>{{citecita journalpubblicazione |author1 autore=J. A. De La Torre, J.A F. |author2=González-Maya, J.FH. |author3=Zarza, HG. |author4=Ceballos, G. |author5=Medellín,e R. A. Medellín |year anno=2018 |name-list-style=amp |titletitolo=The jaguar's spots are darker than they appear: assessing the global conservation status of the jaguar ''Panthera onca'' |journal rivista=Oryx | volume=52 |issue numero=2 |pages pp=300–315300-315 | doi=10.1017/S0030605316001046}}</ref> Tra il 2000 e il 2012 nell'areale del giaguaro sono andati distrutti {{M|doi83759}} km² di foresta, soprattutto nei corridoi tra le cosiddette Jaguar Conservation Units (JCUs).<ref>{{cite journal |author1=Olsoy, P.J. |author2=Zeller, K.A. |author3=Hicke, J.A. |author4=Quigley, H.B. |author5=Rabinowitz, A.R. |author6=Thornton, D.H. |year=2016 |name-list-style=amp |title=Quantifying the effects of deforestation and fragmentation on a range-wide conservation plan for jaguars |journal=Biological Conservation |volume=203 |pages=8–16 |url=https://www.researchgate.net/publication/307954092 |doi=10.1016/j.biocon.2016.08.037 |access-date=free13 April 2021 |archive-date=29 November 2021 |archive-url=https://web.archive.org/web/20211129021307/https://www.researchgate.net/publication/307954092_Quantifying_the_effects_of_deforestation_and_fragmentation_on_a_range-wide_conservation_plan_for_jaguars |url-status=live }}</ref>

Between 2000 and 2012, forest loss in the jaguar range amounted to {{convert|83.759|km2|abbr=on}}, with fragmentation increasing in particular in corridors between Jaguar Conservation Units (JCUs).<ref>{{cite journal |author1=Olsoy, P.J. |author2=Zeller, K.A. |author3=Hicke, J.A. |author4=Quigley, H.B. |author5=Rabinowitz, A.R. |author6=Thornton, D.H. |year=2016 |name-list-style=amp |title=Quantifying the effects of deforestation and fragmentation on a range-wide conservation plan for jaguars |journal=Biological Conservation |volume=203 |pages=8–16 |url=https://www.researchgate.net/publication/307954092 |doi=10.1016/j.biocon.2016.08.037 |access-date=13 April 2021 |archive-date=29 November 2021 |archive-url=https://web.archive.org/web/20211129021307/https://www.researchgate.net/publication/307954092_Quantifying_the_effects_of_deforestation_and_fragmentation_on_a_range-wide_conservation_plan_for_jaguars |url-status=live }}</ref>

By 2014, direct linkages between two JCUs in Bolivia were lost, and two JCUs in northern Argentina became completely isolated due to deforestation.<ref>{{cite journal |author1=Thompson, J.J. |author2=Velilla, M. |year=2017 |name-list-style=amp |title=Modeling the effects of deforestation on the connectivity of jaguar ''Panthera onca'' populations at the southern extent of the species' range |journal=Endangered Species Research |volume=34 |pages=109–121 |url=https://www.int-res.com/articles/esr2017/34/n034p109.pdf |doi=10.3354/esr00840 |doi-access=free |access-date=2 March 2021 |archive-date=8 March 2021 |archive-url=https://web.archive.org/web/20210308132647/https://www.int-res.com/articles/esr2017/34/n034p109.pdf |url-status=live }}</ref>

Nel 2002, è stato stimato che la portata del giaguaro fosse scesa a circa il 46% della sua portata all'inizio del XX secolo.[53] Nel 2018, è stato stimato che la sua portata fosse diminuita del 55% nell'ultimo secolo. L'unica roccaforte rimasta è la foresta pluviale amazzonica, una regione che si sta rapidamente frammentando a causa della deforestazione.[102] Tra il 2000 e il 2012, la perdita di foreste nella catena del giaguaro è stata di 83.759 km2 (32.340 sq mi), con un aumento della frammentazione in particolare nei corridoi tra le Jaguar Conservation Unit (JCU).[103] Nel 2014, i collegamenti diretti tra due JCU in Bolivia sono stati persi e due JCU nel nord dell'Argentina sono state completamente isolate a causa della deforestazione.[104]

In Mexico, the jaguar is primarily threatened by [[poaching]]. Its habitat is fragmented in northern Mexico, in the [[Gulf of Mexico]] and the [[Yucatán Peninsula]], caused by changes in land use, construction of roads and tourism infrastructure.<ref name=Ceballos2016>{{cite book |author1=Ceballos, G. |author2=Zarza, H. |author3=Chávez, C. |author4=González-Maya, J.F. |year=2016 |name-list-style=amp |chapter=Ecology and Conservation of Jaguars in Mexico |title=Tropical conservation: Perspectives on local and global priorities |editor1=Aguirre, A. |editor2=Sukumar, R. |publisher=Oxford University Press |chapter-url=https://www.researchgate.net/publication/307985045 |pages=273–289 |isbn=978-019976698-7 |access-date=28 February 2021 |archive-date=29 November 2021 |archive-url=https://web.archive.org/web/20211129021317/https://www.researchgate.net/publication/307985045_Ecology_and_conservation_of_jaguars_in_Mexico_state_of_knowledge_and_future_challenges |url-status=live }}</ref>