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Nel 2002 venne stimato che l'areale del giaguaro si era ridotto a circa il 46% di quello che era all'inizio del XX secolo.<ref name=Sanderson2002/> Nel 2018 è stato stimato che l'areale fosse diminuito del 55% nell'ultimo secolo. L'unica roccaforte rimasta è la foresta pluviale amazzonica, una regione che si sta rapidamente frammentando a causa della deforestazione.<ref>{{cita pubblicazione | autore=J. A. De La Torre, J. F. González-Maya, H. Zarza, G. Ceballos e R. A. Medellín | anno=2018 | titolo=The jaguar's spots are darker than they appear: assessing the global conservation status of the jaguar ''Panthera onca'' | rivista=Oryx | volume=52 | numero=2 | pp=300-315 | doi=10.1017/S0030605316001046}}</ref> Tra il 2000 e il 2012 nell'areale del giaguaro sono andati distrutti {{M|83759}} km² di foresta, soprattutto nei corridoi tra le cosiddette Jaguar Conservation Units (JCU).<ref>{{cita pubblicazione | autore=P. J. Olsoy, K. A. Zeller, J. A. Hicke, H. B. Quigley, A. R. Rabinowitz e D. H. Thornton | anno=2016 | titolo=Quantifying the effects of deforestation and fragmentation on a range-wide conservation plan for jaguars | rivista=Biological Conservation | volume=203 | pp=8-16 | url=https://www.researchgate.net/publication/307954092 | doi=10.1016/j.biocon.2016.08.037 | accesso=13 aprile 2021 | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20211129021307/https://www.researchgate.net/publication/307954092_Quantifying_the_effects_of_deforestation_and_fragmentation_on_a_range-wide_conservation_plan_for_jaguars | urlmorto=no}}</ref> Dal 2014 i collegamenti diretti tra due JCU in Bolivia sono andati perduti e due JCU nel nord dell'Argentina sono rimaste completamente isolate a causa della deforestazione.<ref>{{cita pubblicazione | autore=J. J. Thompson e M. Velilla | anno=2017 | titolo=Modeling the effects of deforestation on the connectivity of jaguar ''Panthera onca'' populations at the southern extent of the species' range | rivista=Endangered Species Research | volume=34 | pp=109-121 | url=https://www.int-res.com/articles/esr2017/34/n034p109.pdf | doi=10.3354/esr00840 | accesso=2 marzo 2021 | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20210308132647/https://www.int-res.com/articles/esr2017/34/n034p109.pdf | urlmorto=no}}</ref>

In Messico il giaguaro è minacciato soprattutto dal [[bracconaggio]]. I cambiamenti nell'utilizzo del terreno e la costruzione di strade e infrastrutture turistiche hanno inoltre portato alla frammentazione dell'habitat nel Messico settentrionale, lungo il [[golfo del Messico]] e nella [[penisola dello Yucatán]].<ref name=Ceballos2016>{{cita libro | autore=G. Ceballos, H. Zarza, C. Chávez e J. F. González-Maya | anno=2016 | capitolo=Ecology and Conservation of Jaguars in Mexico | titolo=Tropical conservation: Perspectives on local and global priorities | curatore=A. Aguirre e R. Sukumar | editore=Oxford University Press | url=https://www.researchgate.net/publication/307985045 | pp=273-289 | isbn=978-019976698-7 | accesso=28 febbraio 2021 | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20211129021317/https://www.researchgate.net/publication/307985045_Ecology_and_conservation_of_jaguars_in_Mexico_state_of_knowledge_and_future_challenges | urlmorto=no}}</ref> A Panama, tra il 1998 e il 2014, 220 giaguari su 230 sono stati uccisi come rappresaglia per gli attacchi al bestiame.<ref>{{cita pubblicazione | autore=R. Moreno, N. Meyer, M. Olmos, R. Hoogesteijn e A. L. Hoogesteijn | anno=2015 | titolo=Causes of jaguar killing in Panama – a long term survey using interviews | rivista=Cat News | numero=62 | pp=40-42 | url=https://repository.si.edu/bitstream/handle/10088/29640/CN62_Moreno_et_al_2015.pdf | accesso=18 novembre 2021 | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20211118072049/https://repository.si.edu/bitstream/handle/10088/29640/CN62_Moreno_et_al_2015.pdf | urlmorto=no}}</ref> Nel Venezuela il giaguaro è scomparso da circa il 26% del suo areale originario dal 1940, principalmente nelle [[Savana|savane]] aride e nelle boscaglie improduttive della regione nord-orientale di [[Anzoátegui]].<ref>{{cita pubblicazione | autore=W. Jędrzejewski, E. O. Boede, M. Abarca, |first3=MA. |last4=Sánchez-Mercado, |first4=AJ. R. |last5=Ferrer-Paris, |first5=J.RM. |last6=Lampo, |first6=MG. |last7=Velásquez, |first7=GR. |last8=Carreño, |first8=RÁ. |last9=Viloria |first9=Á.L. |last10=HoogesteijnViloria, |first10=R. |last11=RobinsonHoogesteijn, |first11=H. 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Schmidt |year anno=2017 |name-list-style=amp |titletitolo=Predicting carnivore distribution and extirpation rate based on human impacts and productivity factors; assessment of the state of jaguar (''Panthera onca'') in Venezuela |journal rivista=Biological Conservation | volume=206 |pages pp=132–142132-142 | url=https://www.researchgate.net/publication/312059394 | doi=10.1016/j.biocon.2016.09.027 |access-date accesso=28 Februaryfebbraio 2021 | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20211129021303/https://www.researchgate.net/publication/312059394_Predicting_carnivore_distribution_and_extirpation_rate_based_on_human_impacts_and_productivity_factors_assessment_of_the_state_of_jaguar_Panthera_onca_in_Venezuela | urlmorto=no}}</ref> In Ecuador il giaguaro è minacciato dalla ridotta disponibilità di prede nelle aree in cui l'espansione della rete stradale ha reso più facile ai cacciatori accedere alle foreste.<ref>{{cita pubblicazione | autore=S. Espinosa, G. Celis e L. C. Branch | anno=2018 | titolo=When roads appear jaguars decline: Increased access to an Amazonian wilderness area reduces potential for jaguar conservation | rivista=PLOS ONE | volume=13 | numero=1 | p=e0189740 | doi=10.1371/journal.pone.0189740 | pmc=5751993 | pmid=29298311 | bibcode=2018PLoSO..1389740E}}</ref> Nelle [[Foresta atlantica dell'Alto Paraná-dateParanaíba|foreste atlantiche dell'Alto Paraná]], tra il 1995 e il 2008, sono stati uccisi almeno 117 giaguari nel [[parco nazionale dell'Iguaçu]] e nell'adiacente [[provincia di Misiones]].<ref>{{cita pubblicazione | autore=29A. NovemberPaviolo, 2021C. D. De Angelo, Y. E. Di Blanco e M. S. Di Bitetti |archive anno=2008 | titolo=Jaguar ''Panthera onca'' population decline in the Upper Paraná Atlantic Forest of Argentina and Brazil | rivista=Oryx | volume=42 | numero=4 | pp=554-561 | doi=10.1017/S0030605308000641}}</ref> Alcuni [[afro-colombiani]] del dipartimento colombiano di [[Dipartimento di Chocó|Chocó]] cacciano il giaguaro per consumarne e venderne la carne.<ref>{{cita pubblicazione | autore=S. Balaguera-Reina e J. F. Gonzalez-Maya | anno=2008 | titolo=Occasional jaguar hunting for subsistence in Colombian Chocó | rivista=Cat News | numero=48 | p=5 | url=https://www.researchgate.net/publication/233399315 | accesso=28 febbraio 2021 | urlarchivio=https://web.archive.org/web/2021112902130320211129021347/https://www.researchgate.net/publication/312059394_Predicting_carnivore_distribution_and_extirpation_rate_based_on_human_impacts_and_productivity_factors_assessment_of_the_state_of_jaguar_Panthera_onca_in_Venezuela233399315_Occasional_Jaguar_Hunting_for_Subsistence_in_Colombian_Choco |url urlmorto=no}}</ref> Tra il 2008 e il 2012, almeno 15 esemplari sono stati uccisi dagli allevatori nel Belize centrale.<ref>{{cita pubblicazione | autore=R. J. Foster, B. J. Harmsen, Y. L. Urbina, R. L. Wooldridge, C. P. Doncaster, H. Quigley e O. A. Figueroa | anno=2020 | titolo=Jaguar (''Panthera onca'') density and tenure in a critical biological corridor | rivista=Journal of Mammalogy | volume=101 | numero=6 | pp=1622-status1637 | doi=live10.1093/jmammal/gyaa134 | pmid=33505226 | pmc=7816682}}</ref>

In Messico, il giaguaro è principalmente minacciato dal bracconaggio. Il suo habitat è frammentato nel nord del Messico, nel Golfo del Messico e nella penisola dello Yucatan, a causa dei cambiamenti nell'uso del suolo, della costruzione di strade e delle infrastrutture turistiche.[105] A Panama, 220 giaguari su 230 sono stati uccisi come rappresaglia per aver depredato il bestiame tra il 1998 e il 2014.[106] In Venezuela, il giaguaro è stato estirpato in circa il 26% del suo areale nel paese dal 1940, principalmente nelle savane aride e nelle boscaglie improduttive nella regione nord-orientale di Anzoátegui.[107] In Ecuador, il giaguaro è minacciato dalla ridotta disponibilità di prede nelle aree in cui l'espansione della rete stradale ha facilitato l'accesso dei cacciatori umani alle foreste.[108] Nelle foreste atlantiche dell'Alto Paraná, tra il 1995 e il 2008 sono stati uccisi almeno 117 giaguari nel Parco Nazionale dell'Iguaçu e nell'adiacente provincia di Misiones.[109] Alcuni afro-colombiani del dipartimento colombiano di Chocó cacciano giaguari per il consumo e la vendita di carne.[110] Tra il 2008 e il 2012, almeno 15 giaguari sono stati uccisi da allevatori nel Belize centrale.[111]

In Messico il giaguaro è minacciato soprattutto dal [[bracconaggio]]. I cambiamenti nell'utilizzo del terreno e la costruzione di strade e infrastrutture turistiche hanno inoltre portato alla frammentazione dell'habitat nel Messico settentrionale, lungo il [[golfo del Messico]] e nella [[penisola dello Yucatán]].<ref name=Ceballos2016>{{cita libro | autore=G. Ceballos, H. Zarza, C. Chávez e J. F. González-Maya | anno=2016 | capitolo=Ecology and Conservation of Jaguars in Mexico | titolo=Tropical conservation: Perspectives on local and global priorities | curatore=A. Aguirre e R. Sukumar | editore=Oxford University Press | url=https://www.researchgate.net/publication/307985045 | pp=273-289 | isbn=978-019976698-7 | accesso=28 febbraio 2021 | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20211129021317/https://www.researchgate.net/publication/307985045_Ecology_and_conservation_of_jaguars_in_Mexico_state_of_knowledge_and_future_challenges | urlmorto=no}}</ref> A Panama, tra il 1998 e il 2014, 220 giaguari su 230 sono stati uccisi come rappresaglia per gli attacchi al bestiame.<ref>{{cita pubblicazione | autore=R. Moreno, N. Meyer, M. Olmos, R. Hoogesteijn e A. L. Hoogesteijn | anno=2015 | titolo=Causes of jaguar killing in Panama – a long term survey using interviews | rivista=Cat News | numero=62 | pp=40-42 | url=https://repository.si.edu/bitstream/handle/10088/29640/CN62_Moreno_et_al_2015.pdf | accesso=18 novembre 2021 | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20211118072049/https://repository.si.edu/bitstream/handle/10088/29640/CN62_Moreno_et_al_2015.pdf | urlmorto=no}}</ref> Nel Venezuela il giaguaro è scomparso da circa il 26% del suo areale originario dal 1940, principalmente nelle [[Savana|savane]] aride e nelle boscaglie improduttive della regione nord-orientale di [[Anzoátegui]].<ref>{{cita pubblicazione | autore=W. Jędrzejewski, E. O. Boede, M. Abarca |first3=M. |last4=Sánchez-Mercado |first4=A. |last5=Ferrer-Paris |first5=J.R. |last6=Lampo |first6=M. |last7=Velásquez |first7=G. |last8=Carreño |first8=R. |last9=Viloria |first9=Á.L. |last10=Hoogesteijn |first10=R. |last11=Robinson |first11=H.S. |last12=Stachowicz |first12=I. |last13=Cerda |first13=H. |last14=Weisz |first14=M. del Mar |last15=Barros |first15=T.R. |last16=Rivas |first16=Gilson A. |last17=Borges |first17=G. |last18=Molinari |first18=J. |last19=Lew |first19=D. |last20=Takiff |first20=H. |last21=Schmidt |first21=K. |year=2017 |name-list-style=amp |title=Predicting carnivore distribution and extirpation rate based on human impacts and productivity factors; assessment of the state of jaguar (''Panthera onca'') in Venezuela |journal=Biological Conservation |volume=206 |pages=132–142 |url=https://www.researchgate.net/publication/312059394 |doi=10.1016/j.biocon.2016.09.027 |access-date=28 February 2021 |archive-date=29 November 2021 |archive-url=https://web.archive.org/web/20211129021303/https://www.researchgate.net/publication/312059394_Predicting_carnivore_distribution_and_extirpation_rate_based_on_human_impacts_and_productivity_factors_assessment_of_the_state_of_jaguar_Panthera_onca_in_Venezuela |url-status=live }}</ref>

In Ecuador, the jaguar is threatened by reduced prey availability in areas where the expansion of the road network facilitated access of human hunters to forests.<ref>{{cite journal |author1=Espinosa, S. |author2=Celis, G. |author3=Branch, L.C. |year=2018 |name-list-style=amp |title=When roads appear jaguars decline: Increased access to an Amazonian wilderness area reduces potential for jaguar conservation |journal=PLOS ONE |volume=13 |issue=1 |page=e0189740 |doi=10.1371/journal.pone.0189740 |doi-access=free |pmc=5751993 |pmid=29298311 |bibcode=2018PLoSO..1389740E}}</ref>

In the [[Alto Paraná Atlantic forests]], at least 117 jaguars were killed in [[Iguaçu National Park]] and the adjacent [[Misiones Province]] between 1995 and 2008.<ref>{{cite journal |author1=Paviolo, A. |author2=De Angelo, C.D. |author3=Di Blanco, Y.E. |author4=Di Bitetti, M.S. |year=2008 |name-list-style=amp |title=Jaguar ''Panthera onca'' population decline in the Upper Paraná Atlantic Forest of Argentina and Brazil |journal=Oryx |volume=42 |issue=4 |pages=554–561 |doi=10.1017/S0030605308000641 |doi-access=free}}</ref>

Some [[Afro-Colombians]] in the Colombian [[Chocó Department]] hunt jaguars for consumption and sale of meat.<ref>{{cite journal |author1=Balaguera-Reina, S. |author2=Gonzalez-Maya, J.F. |year=2008 |name-list-style=amp |title=Occasional jaguar hunting for subsistence in Colombian Chocó |journal=Cat News |issue=48 |page=5 |url=https://www.researchgate.net/publication/233399315 |access-date=28 February 2021 |archive-date=29 November 2021 |archive-url=https://web.archive.org/web/20211129021347/https://www.researchgate.net/publication/233399315_Occasional_Jaguar_Hunting_for_Subsistence_in_Colombian_Choco |url-status=live }}</ref>

Between 2008 and 2012, at least 15 jaguars were killed by livestock farmers in central Belize.<ref>{{cite journal |author1=Foster, R.J. |author2=Harmsen, B.J. |author3=Urbina, Y. L. |author4=Wooldridge, R.L. |author5=Doncaster, C.P. |author6=Quigley, H. |author7=Figueroa, O.A. |year=2020 |name-list-style=amp |title=Jaguar (''Panthera onca'') density and tenure in a critical biological corridor |journal=Journal of Mammalogy |volume=101 |issue=6 |pages=1622–1637 |doi=10.1093/jmammal/gyaa134 |pmid=33505226 |pmc=7816682 |doi-access=free}}</ref>

The international trade of jaguar skins boomed between the end of the [[Second World War]] and the early 1970s.<ref name="SkinTrade">{{cite book |last=Broad |first=S. |date=1987 |title=The harvest of and trade in Latin American spotted cats (Felidae) and otters (Lutrinae) |publisher=IUCN Conservation Monitoring Centre |___location=Cambridge |url=https://www.biodiversitylibrary.org/item/119261 |access-date=21 February 2018 |archive-date=13 January 2020 |archive-url=https://web.archive.org/web/20200113095346/https://www.biodiversitylibrary.org/item/119261 |url-status=live }}</ref>