Ada Yonath nacqueè nata a Gerusalemme nel quartiere [[Geula]] di Gerusalemme. I suoi genitori, Hillel ed Esther Lifshitz, erano [[Sionismo|sionisti]] immigrati da [[Łódź]] in [[Polonia]] nel 1933, prima della [[Israele#Nascita dello Stato|fondazione dello Stato di Israele]].<ref>[http://books.google.com/books?id=uYAkWldKpx8C&pg=PA390&lpg=PA390&dq=yonath+livshitz&source=bl&ots=iqBl2Hg2_g&sig=0JZQo4dgU8lUDNxWRdTSVFrj4BM&hl=en&ei=15mMTvSoC9CDhQfCo_mDBA&sa=X&oi=book_result&ct=result&resnum=1&ved=0CBwQ6AEwAA#v=onepage&q=yonath%20livshitz&f=false István Hargittai, Magdolna Hargittai “Candid science 6”: Interview with Ada Yonath (p. 390)]: In questa fonte il suo cognome è scritto ''Li'''v'''shitz''.</ref> Suo padre era un [[rabbino]] che proveniva a sua volta da una famiglia rabbinica.
I suoi genitori si stabilirono a Gerusalemme, dove aprirono un negozio di alimentari, tra difficoltà economiche. Abitavano in un piccolo appartamento con numerose altre famiglie: Yonath menziona che i libri erano l'unico strumento a sua disposizione per tenersi occupata.<ref>Talk given at Moriah College, Sydney, 18 February 2010 as noted by a student present from James Ruse Agricultural High School</ref>
