CASP: differenze tra le versioni

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'''Critical Assessment of protein Structure Prediction''', o '''CASP''', è un esperimento a livello mondiale per [[Predizione di struttura proteica|la previsione della struttura proteica]] che si svolge ogni due anni dal 1994.<ref>{{Cita pubblicazione|autore=Moult, J.|anno=1995|titolo=A large-scale experiment to assess protein structure prediction methods|rivista=Proteins|volume=23|numero=3|pp=ii–iv|doi=10.1002/prot.340230303|url=https://zenodo.org/record/1229334|PMID=8710822}}</ref> CASP offre ai gruppi di ricerca l'opportunità di testare oggettivamente i propri metodi di previsione della struttura e fornisce una valutazione indipendente dello stato dell'arte nella modellazione della struttura delle proteine alla comunità di ricerca e agli utenti del software. Anche se l'obiettivo principale del CASP è aiutare a far progredire i metodi di identificazione della struttura tridimensionale delle [[proteine]] dalla sua sequenza di amminoacidi, molti vedono l'esperimento più come un "campionato del mondo" in questo campo della scienza. Più di 100 gruppi di ricerca da tutto il mondo partecipano regolarmente a CASP e non è raro che interi gruppi sospendano le loro altre ricerche per mesi mentre si concentrano sulla preparazione dei loro server per l'esperimento e sull'esecuzione delle previsioni dettagliate.

== Selezione dei dominiidomini ==

Al fine di garantire che nessun predittore possa avere informazioni preliminari sulla struttura di una proteina che lo metterebbero in vantaggio, è importante che l'esperimento sia condotto in doppio cieco: né i predittori, né gli organizzatori e i valutatori conoscono le strutture delle proteine nel momento in cui vengono fatte le previsioni. Gli obiettivi per la previsione della struttura sono strutture che saranno presto risolte mediante [[cristallografia a raggi X]] o spettroscopia NMR, o strutture che sono state appena risolte (principalmente da uno dei centri di genomica strutturale) e sono tenute in sospeso dalla [[Protein Data Bank]]. Se si trova che la sequenza data è correlata per discendenza comune a una sequenza proteica di struttura nota (chiamata modello), è possibile utilizzare la modellazione proteica comparativa per prevedere la struttura terziaria. I modelli possono essere trovati utilizzando metodi di [[Allineamento di sequenze|allineamento della sequenza]] (es [[Basic local alignment search tool|BLAST]] o HHsearch) o metodi di threading proteico, che sono migliori per trovare modelli lontanamente correlati. Altrimenti, deve essere applicata la predizione della struttura proteica ''de novo'' (per esempio Rosetta), che è molto meno affidabile ma a volte può fornire modelli con il ripiegamento corretto (di solito per proteine inferiori a 100-150 amminoacidi). I nuovi ripiegamenti stanno diventando piuttosto rari tra i dominii,<ref>{{Cita pubblicazione|autore=Tress, M.|anno=2009|titolo=Target ___domain definition and classification in CASP8|rivista=Proteins|volume=77|numero=Suppl 9|pp=10–17|doi=10.1002/prot.22497|PMID=19603487}}</ref><ref name="zhang2005">{{Cita pubblicazione|anno=2005|titolo=The protein structure prediction problem could be solved using the current PDB library|rivista=Proc Natl Acad Sci USA|volume=102|numero=4|pp=1029–1034|doi=10.1073/pnas.0407152101|PMID=15653774}}</ref> rendendo la categoria più piccola di quanto desiderabile.