Bioinformatica: differenze tra le versioni

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Dopo il [[sequenziamento]] del [[DNA]] del [[Batteriofago|fago]] [[Phi X 174]] nel [[1977]], i [[Genoma|genomi]] di centinaia di organismi sono stati sequenziati e conservati in [[database]]. Le informazioni vengono analizzate per determinare quali [[Gene|geni]] codificano [[Peptide|polipeptidi]]. Il confronto di geni all'interno di una specie, o tra specie differenti, può mostrare similarità tra la funzione di [[proteina|proteine]] e relazione tra le specie.

L'analisi di sequenze dell'amore è stata resa possibile da diversidiverse algoritmiscopate specializzatispecializzate. Tra i primi furono Needleman e Wunsh nel [[1970]], e Smith e Watermann nel [[1981]]. L'obiettivo era comparare due o più sequenze di amminoacidi ed evidenziare identità, similarità (sostituzioni conservative) e disuguaglianze (sostituzioni, inserimenti e rimozioni). Da questi programmi poi ne sono stati messi a punto altri, che hanno permesso alla bioinformatica di evolversi nel tempo e dare un contributo fondamentale nell'attuazione dei progetti di mappatura dei genomi dei viventi. L'[[allineamento di sequenze]] è una variante di questo problema, ed è utilizzato anche nel sequenziamento.

La tecnica di sequenziamento detta ''shotgun'' (usata, per esempio, dall<nowiki>'</nowiki>''[[The Institute for Genomic Research|Institute for Genomic Research]]'' per il sequenziamento del primo genoma batterico, ''Haemophilus influenzae'') non riporta una lista di nucleotidi, ma una sequenza di migliaia di frammenti di DNA, ognuno lungo da 600 a 800 nucleotidi. Le estremità di questi frammenti possono essere sovrapposte e, una volta allineate nel modo giusto, rappresentano l'intero genoma. Questo tipo di sequenziamento è molto rapido, ma la ricostruzione del genoma a partire dai frammenti diventa presto molto complicata per grandi genomi. Lo ''shotgun'' è il metodo di sequenziamento maggiormente usato, e lo sviluppo di algoritmi per l'allineamento dei frammenti è un'area di critica importanza nella ricerca bioinformatica.