Muore nella sua villa di [[Acilia]], quartiere periferico di [[Roma]], a causa di un [[arresto cardiaco]], il 30 marzo 2013, all'età di 74 anni<ref name="morte">{{cita news|url=http://www.lastampa.it/2013/03/30/spettacoli/e-morto-franco-califano-Da9Xp7Pa8rr2Slz9FHLfaN/pagina.html|titolo=È morto Franco Califano|pubblicazione=lastampa.it|accesso=30 marzo 2013}}</ref>.
Il 1º aprile venne allestita la camera ardente al [[Campidoglio]] nella "Sala della Protomoteca", alla quale hanno fatto visita moltissime persone, anche dell'ambiente dello spettacolo. Il giorno seguente vennero celebrati i funerali religiosi presso la "Basilica di Santa Maria in Montesanto", nota come [[Basilica di Santa Maria in Montesanto|Chiesac degli Artistiartisti]] a [[Piazza del Popolo (Roma)|Piazzapiazza del Popolo]]. Dopo la cerimonia, per sua volontà è stato tumulato nel [[Ardea|Cimiterocimitero comunale di Ardea]] accanto al fratello Guido (26 settembre 1943 - 1º settembre 1994), al nipote Fabrizio (7 aprile 1969 - 17 maggio 1994) e alla nonna Maristella, volontà ritardate per mesi a causa di ostacoli [[Burocrazia|burocratici]]. Come epitaffio sulla tomba, per sua richiesta, è stata apposta la frase «Non escludo il ritorno», titolo dell'omonima canzone con cui prese parte al [[Festival di Sanremo 2005]].<ref>{{Cita web|url=http://www.ilfattoquotidiano.it/2013/03/30/franco-califano-e-morto-er-califfo-dopo-lunga-malattia/547718/|titolo=Franco Califano, è morto "er califfo" dopo una lunga malattia|sito=Il Fatto Quotidiano|data=2013-03-30|lingua=it-IT|accesso=2023-05-01}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://ilcaffe.tv/articolo/3528/ardea-ricorda-il-cantautore-franco-califano-ad-un-anno-dalla-sua-scomparsa|titolo=Ardea ricorda il cantautore Franco Califano ad un anno dalla sua scomparsa|autore=Redazione|sito=Il Caffe|data=2014-03-31|lingua=it-IT|accesso=2023-05-01}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://www.today.it/media/franco-califano-senza-tomba.html|titolo=Franco Califano è ancora senza tomba|sito=Today|lingua=it|accesso=2023-05-01}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://www.fanpage.it/roma/franco-califano-ha-sfidato-anche-la-morte-lepitaffio-sulla-tomba-non-escludo-il-ritorno/|titolo=Franco Califano ha sfidato anche la morte. L’epitaffio sulla tomba: “Non escludo il ritorno”|sito=Roma Fanpage|lingua=it|accesso=2023-05-01}}</ref>
