Nel 2029, grazie al supporto delle istituzioni, Daisuke Aramaki e [[Motoko Kusanagi]] e Daisuke Aramaki ricevono i fondi necessari per creare una propria squadra di soccorso internazionale, in realtà un'organizzazione antiterroristica d'élite posta sotto il controllo del ministro dell'interno ma con molta libertà di manovra e chiamata ufficialmente Sezione di Sicurezza Pubblica numero 9. Nell'arco di varie missioni portate a termine con successo, la Sezione 9 inizia a indagare su un pericoloso [[Crimine informatico|cybercriminale]] che si fa chiamare il Marionettista, la cui attività principale è il ghost hacking, cioè la presa di controllo della mente umana. Gli agenti della Sezione 9 scoprono infine che il Marionettista è un'intelligenza artificiale particolarmente avanzata, nata all'interno di un progetto governativo segreto e poi sfuggita al suo controllo, che ha preso coscienza della propria esistenza e richiede di poter essere accettata come forma di vita a tutti gli effetti. Il Marionettista, che vuole ottenere un ghost umano per passare a uno stadio superiore dell'[[evoluzione]] e creare una propria discendenza, convince Kusanagi, che all'inizio è scettica, a fondersi con la sua coscienza. Dopo questo evento, Kusanagi, che deve affrontare un processo pubblico per delle irregolarità commesse in servizio, abbandona la Sezione 9 per mettersi in proprio.
''Ghost in the Shell 1.5: Human-Error Processer'' mostra quattro casi della Sezione 9 dopo la dipartita di Kusanagi. A guidare le indagini vi sono ora Bato e Togusa, sempre agli ordini di Daisuke Aramaki. I casi ruotano attorno a complotti politici, omicidi e pratiche criminali come il controllo dei morti tramite ghost hacking o lo spargimento di virus informatici.
