Nel minigioco parallelo alla trama principale, si gioca nei panni di Ada Wong, lal'affascinante assassina e spia incaricata da un'organizzazione segreta di recuperare un campione di Plagas. Anche questo minigioco si divide in 5 capitoli, ma a differenza del gioco principale, i capitoli di ''Separate Ways'' sono molto più brevi ed complessivamente equivalgono, come lunghezza, più o meno a due capitoli della trama principale. Inoltre, ''Separate Ways'' è sbloccabile solo dopo aver finito il gioco principale almeno una volta a qualsiasi difficoltà.
La trama del gioco è uguale a quella della storia principale, con la differenza che in questa avventura si dovrà impersonare la misteriosal'antieroina Ada Wong e svolgere la sua missione: rubare il campione di Plaga custodito da Lord Saddler e dagli Illuminados. Ad Ada servono le abilità di Leon per facilitare la sua missione e lasciare che sia lui ad occuparsi della maggior parte dei nemici, distraendoli da lei. Albert Wesker vuole entrare in possesso di un campione di Plaga e trasformare i parassiti in armi bio-organiche, con cui dominare il mondo e creare una nuova Umbrella da lui diretta. Ada, tuttavia, tradirà Wesker e, dopo una lunga e rischiosa missione, una volta recuperato il campione lo consegnerà ad un'organizzazione avversa, per la quale ella ha, in realtà, sempre lavorato.
