Il 5 agosto 2009 viene ufficializzato lo scambio di portieri a titolo definitivo tra [[Unione Sportiva Città di Palermo|Palermo]] e [[Genoa Cricket and Football Club|Genoa]]: Rubinho arriva in rosanero firmando un contratto quadriennale, mentre [[Marco Amelia]] passa ai grifoni.<ref>{{Cita web|url=http://www.ilpalermocalcio.it/it/0809/news_scheda.jsp?id=17844|titolo=Amelia al Genoa, preso Rubinho|sito=Ilpalermocalcio.it|accessodata=5 agosto 2009|dataarchivio=8 agosto 2009|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20090808001214/http://www.ilpalermocalcio.it/it/0809/news_scheda.jsp?id=17844|urlmorto=sì}}</ref><ref>{{Cita web|url=http://www.genoacfc.it/index.php?option=com_content&task=view&id=7739&Itemid=31|titolo=Comunicato stampa|sitodata=Genoacfc.it5 agosto 2009|urlmorto=sì}}</ref> Al Palermo, che lo ha pagato 5 milioni di euro, indossa la maglia con il [[83 (numero)|numero 83]] su consiglio del [[direttore sportivo]] [[Walter Sabatini]],<ref>{{Cita web|url=http://www.stadionews.it/ultimora.asp?ID=71450|titolo=Rubinho: Maglia 83 consiglio di Sabatini|sito=Stadionews.it|urlmorto=sì}}</ref> ed è lo stesso numero che indossava a Genova. Il brasiliano è il 14º portiere dell'era [[Maurizio Zamparini|Zamparini]], iniziata nel 2002;<ref>{{Cita web|url=http://www.mediagol.it/articolo.asp?idNotizia=160667|titolo=Palermo: Rubinho 14º portiere dell'era-Zamparini|sito=Mediagol.it|urlmorto=sì|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20090808001113/http://www.mediagol.it/articolo.asp?idNotizia=160667|dataarchivio=8 agosto 2009}}</ref><ref>{{Cita web|url=http://www.mediagol.it/articolo.asp?idNotizia=164028|titolo=L'ODISSEA DEI PORTIERI ROSANERO: Viaggio dentro il vortice degli estremi difensori dell'Era Zamparini|sito=Mediagol.it|urlmorto=sì|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20091004023625/http://www.mediagol.it/articolo.asp?idNotizia=164028|dataarchivio=4 ottobre 2009}}</ref> coi rosanero firma un contratto da 700.000 euro a stagione.<ref>{{Cita pubblicazione|nome=Fabrizio|cognome=Vitale|titolo=La Gazzetta dello Sport|giorno=28|mese=giugno|anno=2011}}</ref>
Esordisce con la maglia rosanero il 15 agosto nel [[Coppa Italia 2009-2010#Terzo turno|terzo turno di Coppa Italia]] contro la [[S.P.A.L. 2013|SPAL]] (4-2). Successivamente perde il posto da titolare – addossandosi le colpe<ref>{{Cita web|url=http://www.palermo24.net/?action=read&idnotizia=348|2titolo=Rubinho a Palermo24.net: "Palermo sempre nel cuore, grazie ai tifosi rosa".|sitoautore=Palermo24Alessio Alaimo|data=1º febbraio 2010|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20160308010021/http://www.palermo24.net/interviste-esclusive/rubinho-a-palermo24net-palermo-sempre-nel-cuore-grazie-ai-tifosi-rosa-348|urlmorto=sì}}</ref> – in favore del più giovane [[Salvatore Sirigu]], giocando in rosanero soltanto 6 partite di campionato e 2 di [[Coppa Italia]].
