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また、[[国立天文台]][[水沢VERA観測所]]の[[VERA]]観測点の一つである石垣局が先に設置されており、こちらは相対[[VLBI]]法によって、銀河系の精密マップを作成することを中心に観測が行われている。その他のVLBI観測としては、地殻変動等を精密に捉え、日本全体における[[プレート]]移動等の観測も実施している。
 
なお、同天文台は2006年9月15日から16日にかけ、沖縄・八重山諸島を襲った台風13号により甚大な被害を受けたため、同日以降、昼間の施設公開と夜間の星空観望会を中止するとともに、当面の間、見学、観望会などの予約の受付が停止されている。2006年1月11日現在復旧工事が始まり今年4月開館を目指している
 
2007年8月現在、復旧し一般観望を再開している。
 
== 施設 ==