Koichi Kawakita persegue in questa pellicola il leitmotiv da lui già utilizzato in precedenza, dando agli avversari di Godzilla la capacità di trasformarsi. Inizialmente intendeva uccidere Mothra per poi farla tornare come la libellula robotica Mechamothra, ma l'idea fu scartata. Ciò rende il film il primo della serie dopo il reboot del 1984 a non rappresentarepresentare un ''[[mecha]]''. Le scene subacquee furono girate di fronte a un acquario riempito di pesci, posizionato tra gli attori e la telecamera. La squadra di Kawakita fabbricò un nuovo costume di Godzilla usando stampi già utilizzati in precedenza,<ref name="kalat2010.1"/> ma fulo resorese più snello, con un collo semi-segmentato, e; la disposizione delle spine dorsali fu cambiata in modo che la spina più grande sporgesse dal centro della schiena. Inoltre, le braccia furono rese più flessibili, e alla faccia furono applicate delle leggere modifiche cosmetiche: la fronte fu ridotta e appiattita, i denti ridotti di dimensione e agli occhi fu data una sfumatura dorata. La testa fu ulteriormente modificata elettronicamente per darle piùmaggiore flessibilità verticale.<ref name="biondi">Robert Biondi, "The Evolution of Godzilla – G-Suit Variations Throughout the Monster King’s Twenty One Films", ''G-FAN'' #16 (July/August 1995)</ref> Ci furono ostacoli nel girare le scene di Godzilla poichèpoiché il costume originalmenteoriginariamente usato per ''Godzilla contro Biollante'' e ''Godzilla contro King Ghidorah'' venne rubato e poi recuperato in pessime condizioni nel lago di [[Okutama]].<ref name="kalat2010.1"/> Ciò che rimase del costume fu usato per la prima scena di battaglia. Il ruggito di Godzilla tornò a essere quello acuto dei film girati prima di ''[[Il ritorno di Godzilla (film 1984)|Il ritorno di Godzilla]]'', mentre per i richiami di Battra vennero usatiutilizzati semplicemente i ruggiti riciclati di [[Rodan (personaggio)|Rodan]].<ref name="kalat2010.1"/> Nel disegnare Battra, che il copione descriveva come una "Mothra nera", l'artista Shinji Nishikawa tentò di differenziarlo da Mothra rendendo la sua forma adulta più simile al suo stato larvale.<ref name="nishikawa">David Milner, [http://www.davmil.org/www.kaijuconversations.com/nishikaw.htm "Shinji Nishikawa Interview"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20161005063113/http://www.davmil.org/www.kaijuconversations.com/nishikaw.htm |date=5 ottobre 2016 }}, ''Kaiju Conversations'' (December 1995) davmil.org</ref>
