Leone morì il 10 novembre 461 e fu sepolto nel [[vestibolo (architettura)|vestibolo]] di San Pietro sul Vaticano. Nel 688 il papa Sergio I fece traslare il corpo all'interno della basilica, e sopra vi eressefece erigere sopra un [[altare]]; si trattò, secondo [[Ferdinand Gregorovius]], del primo pontefice deposto all'interno della basilica<ref>«...fu il primo monumento sepolcrale eretto nell'interno di S. Pietro, poiché fino a quel momento i papi erano stati seppelliti nei cimiteri fuori delle mura oppure nell'atrio della basilica vaticana. Ma dopo che [[Papa Sergio I|Sergio]], nel 688, depose nel centro della navata la salma di Leone Magno ed eresse sulla sua tomba un altare, ai papi più insigni furono concessi culto e sepoltura all'interno stesso della basilica: così facendo si abbandonò il principio, conforme allo spirito originario del cristianesimo, che imponeva che le chiese avessero un unico altare.». Ferdinand Gregorovius, ''Storia di Roma nel Medioevo'', libro III, cap. VII, par. 1, come riportato nell'ed. Newton Compton, 1988.</ref>. Attualmente i resti di Leone si trovano in San Pietro, sotto l'altare della [[cappella]] della Madonna della Colonna, a lui dedicato, dove furono traslati nel 1715.
