In un documento del 1158 si cita un Monasterolo (piccolo monastero) situo in una località denominata "Columbarii" (più avanti nel testo "Columbario" ) il quale era alle dipendenze del monastero di San Pietro in Monte Ursino di Serle, cheil quale ne godeva di proprietà e diritti (la proprietà passò poi probabilmente poi al [[Leno|monastero di Leno]]). Si presuppone che questo citato Monasterolo sia un edificio ecclesiastico ubicato in [[Colombaro (Corte Franca)#Chiesa di Santa Maria delle Zenighe (o Santa Maria in Zenighe) con annessa contrada|località Zenighe]] in tale periodo storico. Nel documento la località è citata insieme ad altri paesi della zona (Timoline e Clusane). Alcuni storici dibattonosono incerti riguardo alla correttezza di questo riferimento, in quanto, in un altro documento del 22 ottobre 1175 (proveniente dalla medesima fonte), si riporta una lite del monastero di Serle con quelli di Colombaro, riferendosi però ad una località presso Marguzzo frazione di [[Nuvolento]]. L'antica chiesa di Santa Maria del Monasterolo o di Zenighe apparteneva comunque già alla pieve di Iseo intorno al VIII o IX secolo. <ref name=":0">{{Cita libro|autore=Giovanni Donni|autore2=Antonio Fappani|curatore=Antonio Barretta|titolo=Corte Franca|p=246}}</ref><ref>{{Cita libro|autore=F. Odorici|titolo=Storie Bresciane|pp=32-33|volume=Vol. VI}}</ref><ref>{{Cita libro|autore=Mons. Fè D'Ostiani|titolo=Illustrazione Bresciana|anno=1907}}</ref><ref>{{Cita libro|autore=P. Guerrini|titolo=Antiche carte del priorato di Rodengo|edizione=Benedictina|anno=1949}}</ref><ref>{{Cita libro|autore=P. Guerrini|titolo=Il Monastero benedettino di S. Pietro in Monte a Serle,|collana=Memorie storiche della Diocesi di Brescia|anno=1931|pp=227-229}}</ref><ref>Archivi Vaticani, Fondo veneto, Vol I, N° 2657 e 2679</ref>
I primi riferimenti certi al paese di Colombaro si rintracciano nei documenti della [[mensa vescovile]]. In due atti, uno del 1274 (registro N°2 f. 28 .r.) l'altro del 1295 (registro N° 3 a f. 48 v.) si dice "''Ecclesia de Columbario XX soldos imperiales pro decima novalium de Cluzanis''", vale a dire che il paese e la sua Chiesa dovevano pagare 20 [[Monetazione carolingia|soldi imperiali]] per la [[Decima#La decima nella storia della Chiesa|decima]] deidelle [[Bonifica agraria|terre bonificate]] di [[Clusane|Clusane.]]
L'origine del nometoponimo è ignota. Molto probabilmente deriva dalla presenza in queste zone di una {{Senza fonte|(o più)}} [[torre colombaia]], alcuni autori sospettano l'edificio situo in Loc. ''[[Colombaro (Corte Franca)#Cashulìne|Cashulìne]].'' Si segnala, comunque, che il termine ''Columbarium'' in Latino si riferisce anche alla costruzione funebre dedita al deposito delle ceneri e piú tardo dei corpi, il [[Colombario|Colombario.]]<ref>{{Cita web|lingua=it|url=https://www.treccani.it/vocabolario/ricerca/columbarium/|titolo=Columbarium - Significato ed etimologia - Ricerca|sito=Treccani|accesso=2025-01-19}}</ref>
Nel 1366 la chiesa di Colombaro viene tassata da [[Bernabò Visconti]] per 1 lira e 12 soldi.<ref>{{Cita libro|titolo=Brixia sacra|anno=1922|pp=103-104}}</ref>Tracce successive del nome si riscontrano nei benefici delle varie giurisdizioni ecclesiastiche che sono succedute, riferendosi alla "''parochialem S. Marie de Columbario''". Nel 1400 ecclesiasticamente il paese era soggetto a Iseo, poi. traTra il XVII e il XVII secolo la parrocchia di Colombaro apparteneva alla [[Vicariato|vicaria]] di Adro. DiventaDivenne vicaria autonoma con le parrocchie di Clusane, Nigoline e Timoline al inizio del XIX secolo, per poi essere incorporata nuovamente in quella di Iseo.<ref name=":0" />
Il catasto Napoleonico mostra il paese diviso in due parti: il cortivo del castello era l'unico nucleo compatto, mentre il resto del paese presentava un'urbanizzazione solo lungo le vie.
