La [[Lega Pro Prima Divisione 2012-2013|stagione 2012-2013]] del Trapani è la seconda stagione in Prima Divisione e la 43ª complessiva nella [[Lega Italiana Calcio Professionistico|terza serie]]. La squadra del riconfermato allenatore [[Roberto Boscaglia]] è rinnovata nei ranghi ma sempre ad alto tasso di [[sicilianità]] (16 su 25 dei giocatori utilizzati sono siciliani) e affronta il ritiro estivo pre-stagionale a [[Montecopiolo]], in [[provincia di Pesaro e Urbino]], dal 20 luglio al 4 agosto. Il 5 agosto partecipa al primo turno della [[Coppa Italia 2012-2013|Coppa Italia]], turno superato battendo la formazione di [[Este (Italia)|Este]], mentre al secondo turno la squadra viene eliminata dalla {{Calcio Ternana|N}} per 2-0. Il 30 ottobre arriva il nuovo direttore sportivo [[Daniele Faggiano]]. Il campionato di [[Lega Pro Prima Divisione 2012-2013]] inizia con due sconfitte nelle prime quattro giornate, a opera di {{Calcio Carpi|N}} e [[Virtus Entella]]. Da ottobre, dopo la sconfitta in casa contro il {{Calcio Lecce|N}}, si inaugura un periodo positivo con sei risultati utili consecutivi, che fanno immediatamente risalire la squadra in classifica. Nel corso della stagione il Trapani lotta con il {{Calcio Lecce|N}} per la promozione in [[Serie B]]. Dalla 27ª giornata è in testa alla classifica. Lo stop interno del 9 dicembre ad opera dell'[[AlbinoLeffe]] (16ª giornata) sarà il quarto e ultimo k.o. Da quel momento il Trapani inizia una serie di vittorie come quella del sorpasso sul Lecce proprio nella gara contro i salentini allo [[Stadio Via del Mare]] vinta per 2-1. Nella penultima giornata entrambe le squadre sono a pari punti, con il Trapani avanti per la differenza reti. Il 12 maggio [[2013]], vincendo nell'ultima giornata in trasferta contro la [[US Cremonese|Cremonese]] per 4-3, e con la contemporanea sconfitta del Lecce contro l'[[AlbinoLeffe]], il Trapani ottiene la sua prima promozione in [[Serie B]]. Il Trapani, con 60 reti, risulta il miglior attacco del campionato. Inoltre è l'unica squadra del panorama italiano ad aver sempre segnato fuori casa.<ref>[http://www.tuttolegapro.com/?action=read&idnotizia=62267 Tuttolegapro.com]</ref> I due migliori realizzatori del girone A sono proprio due attaccanti trapanesi, [[Matteo Mancosu]] e [[Giovanni Abate]], rispettivamente con 15 e 14 reti complessive. Avendo terminato il proprio girone da prima classificata disputa il 19 e il 23 maggio 2013 la [[Supercoppa di Lega Prima Divisione]] contro l'{{Calcio Avellino|N}} terminata col punteggio totale di 3-3 ma vinta dagli irpini in virtù della [[regola del gol fuori casa]].
