Niven lavorò anche con l'Army Film and Photographic Unit (AFPU). Il suo lavoro includeva una piccola parte nell'ambito di una campagna ingannatrice del M15MI5 britannico (il servizio segreto di Sua Maestà) che utilizzò M. E. Clifton James come controfigura del generale Sir Bernard Montgomery. Durante il suo lavoro con l'AFPU, Peter Ustinov, che allora era uno sceneggiatore, fece da attendente a Niven: nella propria autobiografia egli stesso spiegò che non c'era un altro modo militarmente corretto per lavorare insieme, poiché Niven era un tenente colonnello ed Ustinov un soldato semplice. Niven recitò in due film di guerra non formalmente promossi dall'AFPU, ma entrambi realizzati con una ferma intenzione di sostenere lo sforzo bellico britannico, soprattutto negli Stati Uniti; questi furono: ''[[Il primo dei pochi]]'' (1942), diretto da [[Leslie Howard]], e ''[[La via della gloria]]'' (1944), diretto da [[Carol Reed]] ed interpretato anche da [[Peter Ustinov]].
