Il primo marito della Perego è stato il calciatore [[Andrea Carnevale]], da lei conosciuto a metà degli anni ottanta: la coppia ha avuto due figli, ma nel 1997 la Peregolei ha chiesto il [[divorzio]].<ref name=primomatrimonio>{{Cita news|autore=Luca Valdiserri|url=http://archiviostorico.corriere.it/2002/luglio/28/Carnevale_dai_gol_alla_politica_co_0_0207281947.shtml|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20140202115711/http://archiviostorico.corriere.it/2002/luglio/28/Carnevale_dai_gol_alla_politica_co_0_0207281947.shtml|titolo=Diciottenne telefonava tutto il giorno a Paola Perego|pubblicazione=[[Corriere della Sera]]|giorno=08|mese=06|anno=2003|p=49|accesso=21 settembre 2010|urlmorto=sì}}</ref> Dopo dieci anni di fidanzamento, il 25 settembre 2011 Paola Perego si è sposata con il suo compagno e agente [[Lucio Presta]]<ref>{{Cita news|url=http://www.ilsussidiario.net/News/Cinema-Televisione-e-Media/2017/3/23/Chi-e-Lucio-Presta-Il-marito-di-Paola-Perego-potentissimo-agente-amico-di-Renzi-/755762/|titolo=LUCIO PRESTA/ Il marito di Paola Perego difeso da Rita Dalla Chiesa: “i ‘suoi’ programmi sono il meglio”|pubblicazione=Il Sussidiario.net|accesso=12 gennaio 2018|dataarchivio=12 gennaio 2018|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20180112214910/http://www.ilsussidiario.net/News/Cinema-Televisione-e-Media/2017/3/23/Chi-e-Lucio-Presta-Il-marito-di-Paola-Perego-potentissimo-agente-amico-di-Renzi-/755762/|urlmorto=sì}}</ref>. È nonna di due nipoti, figli di sua figlia.<ref>{{Cita news|url=https://www.vanityfair.it/article/paola-perego-di-nuovo-nonna-nata-alice-figlia-giulia-carnevale-foto-gossip|titolo=''Paola Perego è di nuovo nonna: è nata Alice''|giorno=15|mese=01|anno=2022|accesso=29 settembre 2023|urlmorto=no}}</ref> A inizio 2024 si è sottoposta a un intervento per rimuovere un tumore a un rene.<ref>{{Cita web|url=https://www.ilfattoquotidiano.it/2024/02/03/paola-perego-il-ritorno-in-tv-dopo-lintervento-per-il-tumore-al-rene-di-nuovo-col-sorriso/7432584/|titolo=Paola Perego, il ritorno in tv dopo l'intervento per il tumore al rene: "Di nuovo col sorriso" - Il Fatto Quotidiano|autore=di F. Q|data=3 febbraio 2024|accesso=7 febbraio 2024}}</ref>
