Nell'estate 2003 firmafirmò da free agent con i [[New York Knicks]], dove giocagiocò senza lasciare troppo il segno. L'anno dopo vaandò agli [[Houston Rockets]], dove fafece da tutore e maestro dell'astro nascente [[Cina|cinese]] [[Yao Ming]]. Nel [[National Basketball Association 2006-2007|2006-07]], grazie all'infortunio della stella cinese, Mutombo partepartì titolare in 33 partite su 82, facendo registrare cifre record per un quarantenne nei rimbalzi e nelle stoppate; matuttavia, quello che sembravaparve in un primo momento l'anno buono per i Rockets si trasformatrasformò in una disfatta nel primo turno dei play-off, da cui esconouscirono sconfitti contro gli [[Utah Jazz]].
[[File:Mutombo Dikembe2.jpg|miniatura|Mutombo agli [[Houston Rockets]]]]
Mutombo pensaconsiderò seriamente al ritiro, ma vienevenne reingaggiato al [[minimo salariale]], sempre da Houston, per il suo 17º anno di [[NBA]], dove per la prima parte di stagione scendescese poche volte in campo; l'ennesimo [[infortunio]] del titolare [[Yao Ming]] fafece risalire in cattedra il "vecchio leone d'Africa". Con l'assenza del cinese i Rockets perdonopersero nuovamente contro gli [[Utah Jazz]] nel primo turno di play-off: nonostante ciò, tenendo anche conto delle quasi 42 primavere, Mutombo mettemise a referto delle buone cifre nelle partite in cui partepartì in quintetto (25 gare, 5 punti, 7 rimbalzi e più di una stoppata di media a partita).
Nel maggio 2008 dichiaradichiarò di voler giocare ancora una stagione per il suo 18º anno tra i professionisti. Nel frattempo, voci di [[mercato]] loiniziarono accostanoad accostarlo ai [[Boston Celtics]], dove avrebbe potuto ricoprire il ruolo di cambio d'esperienza dei lunghi e avrebbe avuto la possibilità di vincere magari un titolo: queste voci vengonofurono tuttavia smentite il 30 dicembre 2008 con l'ingaggio ufficiale da parte degli [[Houston Rockets]]. Con i [[Texas|texani]] conquistaconquistò nuovamente la qualificazione ai play-off, disputando la serie del primo turno contro i [[Portland Trail Blazers]]: il 21 aprile 2009, durante il primo quarto di gara-2, il centro [[africano]] riportariportò un infortunio al [[ginocchio]] a seguito di uno scontro di gioco con [[Greg Oden]]. Poche ore più tardi Mutombo annunciaannunciò il ritiro dall'attività agonistica e la conclusione della sua lunga carriera<ref>{{cita web|url=https://www.espn.com/nba/playoffs/2009/news/story?id=4087774|titolo=Knee injury may end Mutombo's career|data=22 aprile 2009|lingua=en|accesso=19 giugno 2020|lingua=en}}</ref>, complice l'infortunio subito, anche se la decisione erafosse nell'aria già da tempo. Qualche giorno dopo ricevericevette il suo secondo [[J. Walter Kennedy Citizenship Award]].<ref>{{en}} [http://www.nba.com/2009/news/04/23/citizenship.award.nba/index.html NBA: Mutombo riceve il J. Walter Kennedy Citizenship Award] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20090426052721/http://www.nba.com/2009/news/04/23/citizenship.award.nba/index.html|data=26 aprile 2009}}</ref>
