Un '''primer''' è un filamento di [[acido nucleico]] che serve come punto di innesco per la replicazione del [[DNA]]. I primer sono necessari perché molte [[DNA-polimerasi]] ([[enzima|enzimi]] che catalizzano la replicazione del DNA) non possono iniziare la sintesi di un nuovo filamento "da zero", ma possono solo aggiungere [[nucleotide|nucleotidi]] ad un filamento pre-esistente.
EsosistonoEsistono primer forward e primer reverse, a seconda se sono complementari al filamento 3'-5' o a quello inverso 5'-3'. Nella costruzione dei primers è necessario prestare attenzione al fatto che sia il forward sia il reverse devono avere la stessa temperatura di melting e di annealing(o temperatura molto vicine, solitamente 1 o 2 gradi massimo), quindi i due primers devono avere all'incirca lo stesso contenuto in AT (o in CG). La pratica insegna che i primers che danno i risultati migliori in una pcr sono quelli che al 3' hanno un certo numero di C o G, perchè sono quelli che si legano più fortemente al dna stampo, mentre quelli che terminano al 3' con A o T sono meno sicuri in quanto la loro ibridizzazione con il DNA stampoe meno forte.
