All'inizio del [[1964]], a Shepard venne diagnosticato il [[Sindrome di Ménière|morbo di Ménière]], una condizione per cui la [[pressione nei fluidi|pressione fluida]] continua ad aumentare nell'[[orecchio interno]]. Questa sindrome causa un sostanziale aumento della sensibilità dei canali semicircolari e del rilevatore di movimento. Il risultato è disorientamento, stordimento e nausea. Questa condizione lo portò all'esclusione dall'idoneità di volo per la parte restante degli [[anni 1960|anni sessanta]].
Sempre nelNel 1963, venne nominato Comandante dell'Ufficio Astronauti, con responsabilità di monitoraggio sulla coordinazionepianificazione, lail pianificazionecoordinamento eed il controllo di tutte le attività chea cui partecipavano comprendevanogli astronauti della NASA. Questo comprendeva lo sviluppo e l'implementazionela realizzazione di efficaci programmi di addestramento efficaci per assicurare la prontezza al volo di personale disponibile, pilota e non pilota, da assegnare all'equipaggio di voli con esseri umani a bordo; fornire unale valutazionevalutazioni "da pilota" sulla progettazione, costruzione e funzionamento di sistemi per astronavi e relativo equipaggiamento; infine fornirele osservazioni qualitative sia da un punto di vista scientifico chesia ingegneristico per facilitare la pianificazione generale delle missioni, la formulazione di procedure operative realizzabili, la selezione e la conduzione di esperimenti specifici per ogni volo.
Venne reintegrato nello status di pilota attivo nel maggio 1969, agrazie seguito diad una operazione correttiva per il morbo di Ménière (secondo un metodo di nuova concezione) ch egli consentì di guarire dal morbo di Ménière.
All'età di quarantasette anni, come astronauta più anziano del programma, Shepard fece il suo secondo volo spaziale come comandante dell'[[Apollo 14]], dal [[31 gennaio]] al [[9 febbraio]] [[1971]]. Nella, terza missione di [[allunaggio]] umano erae accompagnatola dalprima dopo il fallimento dell'[[Apollo 13]]. Gli altri membri dell'equipaggio erano il pilota del modulo di comando [[Stuart Roosa]] e dalil pilota del modulo di allunaggio [[Edgar Mitchell]]. Manovrando il modulo lunare "Antares" verso un punto dell'altopiano collinoso della [[formazione di Fra Mauro]] sulla luna, Shepard e Mitchell misero in atto vari esperimenti scientifici e raccolsero quasi 45 Kg di campioni lunari per il ritorno a terra.
Altri risultati raggiunti dall'Apollo 14 furono: primo uso dell'apparecchiatura di trasporto mobile (MET); il maggior carico posto in orbita lunare; la più lunga distanza percorsa sulla superficie lunare; il maggior carico riportato dalla [[Luna]]; la più lunga permanenza sulla Luna (33 ore); la più lunga [[attività extraveicolare]] sul satellite (9 ore e 17 minuti); primo uso di tecniche abbreviate per l'entrata in orbita lunare; il primo uso di TV a colori con il nuovo sistema di ripresa televisiva a tubo vidicon sulla Luna; primo periodo scientifico nell'orbita completa condotto durante le operazioni in solitaria nel modulo di comando dell'Apollo.
