Già dalla primavera del 2001 la [[SSSocietà Sportiva Lazio|Lazio]] si assicura, dalla squadra friulana, le prestazioni sportive di Fiore assieme a quelle di [[Giuliano Giannichedda|Giannichedda]]. A Roma ritrova come allenatore [[Dino Zoff]], tecnico con il quale Fiore aveva ben figurato in nazionale agli europei del 2000. Il primo anno però non mantiene le aspettative (collezionando comunque 30 presenze e 3 reti in campionato) anche a causa del cambio dell'allenatore: già dalla quarta giornata la squadra viene affidata a [[Alberto Zaccheroni|Zaccheroni]] che non riesce a impiegarlo con efficacia. La situazione cambia con l'avvento sulla panchina laziale di [[Roberto Mancini|Mancini]], allenatore emergente che riesce a trovare per Fiore un ruolo su misura. Nelle due stagioni sotto la guida del tecnico di [[Jesi]] raggiunge la piena maturità calcistica : nel 2002-2003 la Lazio arriva alla semifinale di Coppa Uefa e al quarto posto in campionato al quale Fiore contribuisce con 33 presenze e 6 marcature. Risulta, così, determinante nella conquista del diritto a disputare i preliminari di [[UEFA Champions League]] della stagione seguente. In questa (2003-2004) i biancocelesti si classificano al sesto posto in campionato e Fiore, oltre a collezionare 32 presenze e 8 reti in campionato, li trascina alla vittoria della [[Coppa Italia 2003-2004]]. Nella finale di andata che si disputa a Roma, la Lazio batte la [[Juventus]] per 2-0 : Fiore è autore di un'ottima prestazione mettendo a segno entrambe le reti del successo. Il suo nome entra nel tabellino dei marcatori anche nella finale di ritorno a Torino : Fiore fissa il punteggio sul 2-2 completando così la rimonta (da 0-2) della sua squadra ai danni della compagine di [[Marcello Lippi|Lippi]]. Con 7 presenze e 6 reti risulta essere il protagonista assoluto della manifestazione laureandosi [[Capocannonieri della Coppa Italia|capocannoniere del torneo]].
