Dopo aver militato nelle Nazionalinazionali giovanili, Bonera fa il suo esordio nellain [[Nazionale di calcio dell'Italia|Nazionale maggiore]] a 20 anni, il [[5 settembre]] [[2001]] in un'amichevole contro il [[Nazionale di calcio del Marocco|Marocco]], e per un po' si divide tra la Nazionale maggiore e l'[[Nazionale di calcio dell'Italia Under-21|Under-21]], conquistando con quest'ultima l'[[Campionato europeo di calcio Under-21|Europeo Under-21]] del [[Campionato europeo di calcio Under-21 2004|2004]].
Nel [[2006]] viene inserito da [[Marcello Lippi]] nella lista dei pre-convocati per i [[Campionato mondiale di calcio 2006|Mondiali 2006]], come una delle 4 riserve. Viene infine escluso per ultimo dalla lista definitiva dei 23 convocati.