La permanenza in C1 durò un solo anno, e la squadra iniziò un nuovo ciclo discendente: quattro anni di C2, quindi, nel [[Serie C2 1990-1991|1990/1991]] il ritorno in [[Interregionale]] e l’anno dopo la retrocessione in [[Eccellenza]]. Nel [[1992]]/[[1993]] ci fu l'immediato ritorno in [[serie D]] dove il Martina si assestò stabilmente per circa un lustro.
Nell'[[ottobre]] [[1998]], una nuova cordata societaria guidata da Gianfranco Chiarelli e che fa riferimento a Lino Cassano, rilevò il Martina. Dopo un campionato due campionati di [[serie D]] dalle alterne fortune, nel [[Serie D 2000-2001|2000/2001]] il Martina allenato da Gigi Boccolini vinse il campionato con 85 punti davanti al [[Frosinone Calcio|Frosinone]] con 81. Fra i protagonisti della promozione si segnalano Prisciandaro, Mitri, Ancora, Carnevale, [[Antonio Dell'Oglio|Dell'Oglio]]. L'anno seguente il Martina si ripeté immediatamente e dopo 15 anni, [[Martina Franca]] riconquistò la [[serie C1]]. L'anno seguente il Martina arrivò alle soglie della serie B, fermato solo dal [[Pescara Calcio|Pescara]] nella finale dei play-off. La serie cadetta potrebbe comunque arrivare con un ripescaggio a causa del [[Caso Catania]], ma al posto del Martina venne scelta la [[Fiorentina]] per meriti sportivi. Per protesta contro la decisione all’inizio del campionato successivo, il [[Serie C1 2003-2004|2003/2004]] il Martina disertò la gara di apertura in programma a [[Giulianova]], ottenendo come solo risultato uno 0-3 a tavolino ed una penalizzazione in classifica.
Dopo la retrocessione in [[serie C2]], al termine della stagione 2007/08, il Martina non si è iscritto al campionato di C2 per assenza dei requisiti economici, e nel [[2009]] è dovuta ripartire dalla [[Prima Categoria]] pugliese.
