Nel [[settembre]] del [[1996]] i Talebani presero Kabul, Najibullah venne ricondotto nella capitale e come auspicato dal [[Mullah]] [[Mohammad RabbaniOmar]] venne [[pena di morte|condannato a morte]]. L'esecuzione di Najibullah fu il primo brutale atto simbolico dei talebani a Kabul. Fu un omicidio premeditato, compiuto allo scopo di terrorizzare la popolazione: i talebani arrivano all'alloggio di Najibullah intorno all'una di notte, tramortiscono lui e il fratello, li caricano su una camionetta portandoli nel palazzo presidenziale oscurato. Qui evirano Najibullah, lo legano dietro una jeep trascinandolo per varie volte intorno al palazzo, poi lo finiscono con una pallottola. Suo fratello è torturato allo stesso modo e poi strangolato. I due cadaveri vengono appesi a una garitta di cemento davanti al palazzo a pochi isolati dal complesso dell'ONU.<ref>[http://archiviostorico.corriere.it/1996/settembre/28/Ora_Kabul_comanda_solo_Corano_co_0_96092812568.shtml Najibullah ucciso negli uffici dell' Onu]</ref>
Il mullah RabbaniOmar, nuovo capo della shura di Kabul, dichiarò che Najibullah era un comunista e un assassino e che era stato condannato a morte dai talebani; venne fatto notare che la mutilazione del corpo era inammissibile in base a ogni legge islamica, mentre l'assenza di un processo equo e l'esposizione pubblica del cadavere suscitarono l'avversione di molti kabuliani. Il suo corpo venne trasportato nelle province di [[Gardez]] e [[Paktia]] per poi essere seppellito accanto agli altri membri della sua tribù.
