GPUGrid: differenze tra le versioni

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Versione delle 21:02, 15 apr 2010

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{{S|informatica|biologia}}

'''GPUGRID''' è un progetto di [[calcolo distribuito]] gestito dal Multiscale Lab di Giovanni de Fabritiis e ospitato presso l'[[Università Pompeu Fabra]] e, che funziona tramite la piattaforma [[Berkeley Open Infrastructure for Network Computing|Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC)]]. Esso svolge simulazioni di [[biologiadinamica molecolare]] di tipo "full-atom", ossia che inizialmentetengono eranoconto progettatedelle perinterazioni funzionaredei sulsingoli [[Cellatomi (processore)|processoredelle Cell]]molecole dellastudiate. [[PlayStationLo 3]]scopo edel successivamenteprogetto ancheè sulledi [[schedamigliorare video|schedela grafiche]]comprensione [[Nvidia]]delle compatibilidinamiche conmolecolari delle [[CUDAproteina|proteine]] e delle altre molecole, perchè i malfunzionamenti di questi meccanismi portano l'organismo a sviluppare le varie patologie.

La richiesta di risorse computazionali risulta essere molto elevata a causa dell'alto numero di variabili considerate. Inizialmente progettate per funzionare sul [[Cell (processore)|processore Cell]] della [[PlayStation 3]], successivamente le applicazioni sono state [[porting|portate]] anche sulle [[scheda video|schede grafiche]] [[Nvidia]] compatibili con [[CUDA]]. Queste ultime infatti sono dotate di [[Graphics Processing Unit|GPU]] con un elevato numero di [[Stream processing|stream processor]] e possono perciò eseguire moltissime [[flops|operazioni]] contemporaneamente.

== Vedi anche ==

ACEMD, l'applicazione creata dal Multiscale Lab, può utilizzare file di input provenienti da CHARMM e da AMBER.<ref>[http://multiscalelab.org/acemd Pagina dell'applicazione ACEMD]</ref>

Attualmente il progetto conta circa 2500 utenti e 3400 host, per un totale medio giornaliero di 211 TeraFlops. <ref>[http://boincstats.com/stats/project_graph.php?pr=ps3grid Statistiche GPUGrid su BOINCStats (Aprile 2010)]</ref>

== Esperimenti correnti ==

Al momento su GPUGrid vengono svolte le seguenti ricerche:<ref>[http://www.gpugrid.net/science.php Esperimenti]]</ref>

* Simulazione molecolare del recettore della dopamina D2 sotto condizioni di forza ionica a livello fisiologico

* Simulazione molecolare dell'affinità di legame di SH2 e peptide ligando

* Dinamica molecolare pilotata avanti e indietro

* Simulazione molecolare dell'enzima [[Trioso fosfato isomerasi]] (concluso)

== Voci correlate ==

* [[Dinamica molecolare]]

* [[Biologia molecolare]]

* [[GPGPU]]

* [[Lista dei progetti di calcolo distribuito]]

== Note ==

<references/>

== Voci correlate ==

== Collegamenti esterni ==

* [http://www.gpugrid.net/ Il sito di GPUGRID]

* [http://boinc.berkeley.edu/ Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC)]

* [http://www.volunteerathome.com/ [e-mail] — Tutto sul volunteer computing]

[[Categoria:calcolo distribuito]]

[[Categoria:chimica computazionale]]

[[Categoria:biologia molecolare]]

[[en:GPUGRID.net]]