L'origine della chiesa viene fatta risalire al [[Medioevo]], probabilmente al [[XIV secolo]].,<ref>{{Cita|Clavica, Poso|p.96.|Clavica, Poso, 1990}}</ref> quando probabilmente apparteneva ai [[Benedettini]] e all'ordine [[Gerosolimitano]].<ref>{{Cita web|url=http://www.itriabarocco.net/web/guest/home/articolo?p_p_id=pis11_articolo_WAR_pis11&p_p_lifecycle=1&p_p_state=normal&p_p_mode=view&_pis11_articolo_WAR_pis11_f=index_articolo.jsp&_pis11_articolo_WAR_pis11_articleid=98107|accesso=7-10-2010|titolo=Il convento di Santa Maria della Croce, Francavilla Fontana - Itriabarocco.net}}</ref> Nel [[1573]],secondo la tradizione,<ref>{{Cita|Clavica, Jurlaro|p.117.|Clavica, Jurlaro, 2007}}</ref> Francesco Antonio di Roncio, dopo aver riceuto un miracolo mentre passava dal luogo di culto, decise di allargarlo mutandone completamente l'assetto. Successivamente, nel [[1687]], l'edificiò subì ulteriori modifiche ad opera dell'architetto Frà Nicolo da [[Lequile]], che inglobò anche la precedente struttura cinquecentesca. Negli anni successivi furono effettuati altri rimaneggiamenti, come la facciata e il [[campanile]], costruito nel [[1732]].<ref>{{Cita|Clavica, Jurlaro|pp.118-120.|Clavica, Jurlaro, 2007}}</ref>
