GPUGrid: differenze tra le versioni

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'''GPUGRID''' è un progetto di [[calcolo distribuito]] gestito dal Multiscale Lab di Giovanni de Fabritiis e ospitato presso l'[[Università Pompeu Fabra]], che funziona tramite la piattaforma [[Berkeley Open Infrastructure for Network Computing|Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC)]]. Esso svolge simulazioni di [[dinamica molecolare]] di tipo "full-atom", ossia che tengono conto delle interazioni dei singoli atomi delle molecole studiate. Lo scopo del progetto è di migliorare la comprensione delle dinamiche molecolari delle [[proteina|proteine]] e delle altre molecole, perché i malfunzionamenti di questi meccanismi portano l'organismo a sviluppare le varie patologie.

La richiesta di risorse computazionali risulta essere molto elevata a causa dell'alto numero di variabili considerate. Inizialmente progettate per funzionare sul [[Cell (processore)|processore Cell]] della [[PlayStation 3]], successivamente le applicazioni sono state [[porting|portate]] anche sulle [[scheda video|schede grafiche]] [[Nvidia]] compatibili con [[CUDA]]. Queste ultime infatti sono dotate di [[Graphics Processing Unit|GPU]] con un elevato numero di [[Stream processing|stream processor]] e possono perciò eseguire moltissime [[flopsFLOPS|operazioni]] contemporaneamente.

ACEMD, l'applicazione creata dal Multiscale Lab, può utilizzare file di input provenienti da CHARMM e da AMBER.<ref>[http://multiscalelab.org/acemd Pagina dell'applicazione ACEMD]</ref>

Attualmente il progetto conta circa 2500 utenti e 3400 host, per un totale medio giornaliero di 211 TeraFLOPS. <ref>[http://boincstats.com/stats/project_graph.php?pr=ps3grid Statistiche GPUGrid su BOINCStats (Aprile 2010)]</ref>