Nel bosco circostante la serena cittadina di '''Greenvale''', un anziano uomo ed i suoi due nipotini trovano il cadavere martoriato di '''Anna Graham''', crocifisso su un albero con un lungo squarcio sul ventre. Quella notte molti nella cittadina piangono questa morte o forse qualcos'altro.
La storia di questo gioco ha inizio quando una mattina qualunque viene ritrovato nei boschi della cittadina di ''Rainy Woods'', tipico borgo semi-sperduto dell'[[Stati Uniti d'America|America]] [[Occidente|Occidentale]] il corpo della giovane Anna Graham.
Questo fatto ha terrorizzato la popolazione cittadina che crede nel ritorno del leggendario e crudele omicida noto come il ''Killer con l'Impermeabile''.
'''Francis York Morgan''' è l'agente dell'[[FBI]] inviato per indagare sul caso. York è un agente addestrato ed un investigatore brillante, ma un ombra piaga la sua mente. Una seconda personalità, con la quale dialoga e alla quale si rivolge col nome di '''Zach'''. L'agente York ha un sogno, si trova in un luogo fuori dal tempo e dallo spazio coperto di fogliame rosso e di oggetti curiosi. Al centro del luogo ci sono due gemelli vestiti come due angioletti che gli dicono: ''"Siamo pronti per cominciare"'''. York si dirige verso Greenvale, ma una figura rossa ed incappucciata appare in mezzo alla strada facendolo sbandare nella foresta. Da solo, di notte, si deve far largo verso la cittadina a piedi. Ma una presenza inquetante si palesa: delle figure umane, orribilmente sfregiate e deformi, appaiono dall'oscurità per attaccarlo.
Ad investigare sull'accaduto l'[[FBI]] invia un coraggioso agente di nome ''Francis York Morgan'', che certamente potrà contare sull'aiuto di altre 3 persone (rappresentanti di legge) (agenti); ''Emily Wyatt, George e Thomas''. Francis è abile con ogni tipo di arma, e nel gioco potrà usare a piacimento qualsiasi arma sia da taglio che da fuoco. Ma la particolarità di Francis sono i disturbi mentali dai quali è affetto. Soffrendo infatti di disturbi di personalità multipla, in grado di "trasformarsi" in ''Jeter'', un personaggio che vive nella sua mente, per ricevere aiuto in queste indagini. Il gioco si svolge in un mondo completamente esplorabile in ogni punto, con una superficie di 8 km<sup>2</sup>. Oltre ai boschi estesi nei dintorni, sarà possibile spostarsi a piedi o utilizzando un'automobile, e le condizione climatiche cambieranno drasticamente con il passare del tempo o con il variare dei fenomeni atmosferici.
Con il proseguimento delle indagini, Francis scoprirà che in questo caso è coinvolto qualcosa di non umano.... e toccherà a lui smascherarlo.
