Ezio Auditore, nei ricordi di Desmond Miles, farà la resa dei conti finale con i Templari e i Borgia per la riconquista di Roma, dove avrà la meglio. Desmond Miles insieme alla squadra di assassini che lo ha accompagnato nel capitolo precedente, si reca nei pressi di Roma mentre rivive questi ricordi, installando una base di lavoro sotto la roccaforte di Monteriggioni, nel rifugio segreto. Dopo un po di giorni si scopre la posizione della Mela, che è stata in mano ad Ezio secoli prima. Si trova nei sotterranei di una chiesa. EzioDesmond grazie a delle allucinazioni sa esattamente cosa fare, e cosi aziona strani congegni che lo instradano in un percorso acrobatico dove raggiunge insieme agli altri la Mela. Al solo tocco la Mela sprigiona poteri sovrannaturali tra cui un campo mistico che ferma il tempo e immobilizza Desmond. Appare così la voce di Minerva che nel suo monologo, iniziato tempo prima con spezzoni di allucinazioni, comunica a Desmond di non sapere nulla di ciò che sta accadendo e lo guiderà lei e i suoi simili. La forza del potere della Mela ordina al corpo di Desmond di ferire Lucycon Stillman,la Desmondlama noncelata potendoLucy nulla contro il potere della MelaStillman, vedràcomando lache suaviene amica infilzata dalla sua lamaeseguito. Successivamente Desmond andrà in stato di shock. Nei titoli di coda si sentono le voci di due sconosciuti che decidono di rimettere Desmond, ancora sotto shock, dentro l'Animus, ciò fa pensare che in realtà la situazione sia molto più complessa di quello che si è sempre creduto.......
