Nell'ottobreagosto del [[1904]] il Generale von Trotha mise a punto un nuovo piano di battaglia per porre fine alla rivolta. Nella [[battaglia di Waterberg]] diede l'ordine di accerchiare gli Herero su tre lati, in modo che l'unica via di fuga fosse verso l'arida steppa di [[Omaheke]], propaggine occidentale del [[deserto del Kalahari]]. Gli Herero fuggirono nel deserto e von Trotha ordinò alle sue truppe di avvelenare i pochi pozzi d'acqua, di erigere posti di guardia lungo una linea di 150 miglia e di sparare a vista su ogni Herero, che si trattasse di uomo, donna o bambino. Per rendere il suo atteggiamento verso gli [[Herero]] ancora più chiaro, il 2 ottobre von Trotha emanò il ''Vernichtungsbefehl'', o ordine di sterminio:
{{quote|Io, generale dell'esercito tedesco, invio questoquesta messaggiolettera agli Herero. Essi non sono più sudditi tedeschi. Hanno ucciso, derubato, tagliato le orecchie e altre parti del corpo a soldati feriti, e ora sono troppo codardi per continuare a combattere. Annuncio alla popolazione che chiunque mi consegnerà un loro capo riceverà 1000 marchi, e 5000 marchi per [[Samuel Maharero]]. Il popolo Herero deve lasciare il paese. Se non lo farà, lo costringerò col cannone. Ogni Herero che sarà trovato all'interno dei confini tedeschi, con o senza un'arma, con o senza bestiame, verrà ucciso. Non accolgo più né donne né bambini: li ricaccerò alla loro gente o farò sparare loro addosso. Queste sono le mie parole per il popolo Herero.}}
