Anche se, le radici di JAX-WS vengono da JAX-RPC, il primo è un componente completamente diverso da quest'ultimo. Una delle differenze principali tra i due è il modello di programmazione: un servizio web basato su JAX-WS utilizza annotazioni (ad esempio ''@WebService'') per dichiarare endpoint di servizi web, mentre JAX-RPC usa la procedura di [[Remote Method Invocation|Invocazione remota dei metodi (RMI)]]. JAX-WS ha il supporto per l'invio di messaggi XML su HTTP. L'uso delle annotazioni evita la necessità di deployment descriptor. Inoltre il JAX-WS presenta altre funzionalità aggiuntive come callback asincroni. Sebbene vi siano numerose differenze, JAX-WS e JAX-RPC possono coesistere senza problemi.
