La storia degli si svolge nell'anno 2017 a.t.b., a cavallo fra la prima e la seconda serie, quando il Giappone comincia ad accusare colpi a causa della sparizione e presunta morte di Zero, alter ego di Lelouch a capo dei Cavalieri Neri. La trama prende piede nella superpotenza Euro Universe, la quale, soverchiata dall'aggressiva campagna militare del Sacro Impero di Britannia, formaspera di cambiare le sorti della guerra formando una speciale divisione conosciuta come “W-O″, nella quale milita il giovane eun promettente pilota di knightmare frame, Akito Hyūga (日向アキト, Hyuuga Akito). UnAltro incontropersonaggio importante nella vita del giovanerilevante sarà Leila Malkal (レイラ・マルカル, Reira Marukaru), ex aristocratica britanna votatasi alla causa dell'E.U., la quale capeggia il gruppo di ribelli “Wyvern”, composto da giovani giapponesi. I Wyvern si buttanolanciano incautamente sul campo di battaglia, dove le possibilità di sopravvivenza sono incredibilmente scarse. Loro combattono per la propria libertà e per una "casa" in cui tornare, nonostante col passare del tempo ciò assomigli sempre più al sogno di un bambino.
