Basic local alignment search tool: differenze tra le versioni

Versione delle 22:39, 14 feb 2013

Versione delle 12:44, 23 giu 2015

Riga 2:

In [[bioinformatica]], '''BLAST''' ('''B'''asic '''L'''ocal '''A'''lignment '''S'''earch '''T'''ool, ovvero strumento di ricerca di allineamento locale) è un [[algoritmo]] usato per comparare le informazioni contenute nelle [[struttura primaria|strutture biologiche primarie]], come ad esempio le sequenze [[proteina|proteiche]] o le sequenze [[nucleotide|nucleotidiche]] delle molecole di [[DNA]]. Una ''ricerca BLAST'' permette al ricercatore di confrontare una sequenza di interesse con un [[database]] di sequenze già conosciute, e di identificare tra queste ultime quelle che presentano delle somiglianze con la sequenza di interesse. Ad esempio, in seguito alla scoperta di un [[gene]] di [[Mus musculus|topo]], prima sconosciuto, gli scienziati tipicamente compiono una ricerca BLAST nel [[genoma umano]] per vedere se contiene geni con sequenze somiglianti; una volta trovati i due geni "affini" si può indagare sperimentalmente la funzione di quello proveniente dal topo e ottenere così indizi sulla possibile funzione di quello umano.

E' possibile suddividere l'algoritmo BLAST in 3 principali fasi:

# Creazione di un elenco di parole di lunghezza W della sequenza query.

# Ricerca delle parole W all'interno della banca dati.

# Elongazione delle sequenze di hit, cioè quelle trovate, ed assegnamento di uno score. Tali sequenze saranno date da un allineamento di tipo locale.

Le sequenze che si andranno a considerare saranno solo quelle il cui score supera una certa soglia di threshold T, che verranno chiamate HSP ('''H'''igh-scoring '''S'''egment '''P'''air).

== Collegamenti esterni ==