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In aree marine lontane dallo Stretto di Messina il Mar Tirreno è mediamente più freddo e meno salato dello Ionio ma invece, lungo tutta la costa siciliana compresa tra Capo Taormina e Messina, i fenomeni di ''[[upwelling]]'' portando in superficie acque di profondità, determinano che le acque ioniche presenti negli strati superficiali dello stretto siano sensibilmente più fredde di quelle riscontrabili alla medesima quota in altre zone del Mar Ionio. Per le acque di superficie estive le temperature nello Stretto sono mediamente più basse di 4 - 10°C.
Delle masse d’acqua superficiali, intermedie, profonde del Mar Mediterraneo, e quindi dei mari Ionio e Tirreno, soltanto quelle superficiali e levantine intermedie sembrano entrare in gioco nello Stretto di Messina, come confermato dalle misure di salinità nell’arco di 24 ore effettuate davanti Ganzirri.
[[Image:Messina_Straits_Waters_(3).JPG|right |600px|Fig. 11: Distribuzione delle differenti acque nell’arco di 24 ore di fronte Ganzirri (Sicilia)]]▼
▲[[Image:Messina_Straits_Waters_(3).JPG|right |600px|Distribuzione delle differenti acque]]
Dall’esame di questi dati si può affermare che acque sottostanti la ''Levantine Intermediate Water'' (LIW) non raggiungono lo Stretto, infatti l’[[isoalina]] di 38,7 e sporadici valori di 38,8 indicano nella LIW il confine inferiore delle acque che possono rimontare dallo Ionio. E’ possibile affermare, inoltre, che dal Mar Tirreno provengono esclusivamente acque superficiali.
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Il transito nello Stretto di Messina delle diverse masse d’acqua, in funzione del regime di correnti, determina quindi l’incontro di acque tra di loro non immediatamente miscibili. Poiché solo una parte delle acque che si presentano sulla sella riesce a passare nel bacino contiguo e di queste una parte cospicua, perdendo velocità, staziona ai confini dello Stretto per ritornarvi nuovamente con il successivo flusso, è possibile riscontrare con frequenza corpi d’acqua che, cambiando bacino, vanno a occupare quote diverse da quelle originarie in funzione di un nuovo equilibrio dinamico negli strati d’acqua del bacino ricevente.
Questo continuo spostamento e lento mescolamento di acque è un fattore ulteriore di vivificazione dell’area dello Stretto di Messina. Infatti, i sali di azoto e fosforo trasportati negli strati superficiali dalle acque profonde ioniche non riescono ad essere utilizzati immediatamente dal fitoplancton nelle zone di grande turbolenza, mentre ciò può avvenire ai margini dello Stretto.
[[Image:Messina Straits upwelling area.JPG|right |600px|Fig. 12: Stretto di Messina: distribuzione dei principali parametri chimici e biologici come valore medio integrato (media ponderata) sulla colonna d'acqua di 100 m]]<br>
Il modello semplificato risultante può essere così riassunto: arricchimento nell’area della "sella"; massimo di clorofilla e produzione di sostanza organica qualche chilometro a sud, degradazione e mineralizzazione della sostanza organica, prima prodotta a nord, nella parte più meridionale dello Stretto.
==Gli organismi==
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