Esiste un'eccezione alla normale suddivisione di peptidi e MHC che li legano: la '''cross-presentazione''' o '''cross-priming'''. Essa consiste nel presentare antigeni di origine extracellulare ai linfociti T CD8<sup>+</sup> (e quindi legare i peptidi alle MHC di classe I anzichèanziché di classe II. Questa è una capacità unica di alcune [[cellule dendritiche]] che permette loro di attivare linfociti T CD8<sup>+</sup> anche se gli antigeni sono stati prodotti in cellule incapaci di presentare l'antigene. Come detto prima i peptidi presenti nel reticolo endoplasmatico si legano solo alle molecole MHC di classe I, poichè quelle di classe due sono occupate da I<sub>i</sub>. Di norma o i peptidi entrano nel reticolo tramite TAP oppure vescicole contenenti MHC-II si fondono con gli endosomi. Nella cross-presentazione alcuni endosomi si fondono con il reticolo endoplsmatico esponendo le molecole MHC di classe I a peptidi che di norma vengono visti solo dalle MHC-II, ma si legano ugualmente loro.
