Rimane tra i mutanti più forti della terra, come viene dimostrato nel terzo film della saga, quando gli viene inniettatainiettata la cura per la sua mutazione genetica e perde completamente i suoi poteri, ma non del tutto. Il suo potere principale consiste nel manipolare i campi elettromagnetici e ciò gli permette di controllare vari metalli e semimetalli. Questa sua abilità si estende fino a livello atomico, cosa che gli consente di creare campi di forza magnetici del tutto impenetrabili da oggetti metallici e da a qualsiasi forma di energia materiale ma non mentale. Molto spesso sfrutta i campi magnetici facendoli entrare in contrasto con gli atomi di ferro nel sangue cosa che gli permette di volare, assemblare macchinari o far levitare oggetti ed altre persone. Oltre a ciò è capace di generare impulsi magnetici di qualsiasi forza. Inoltre ha dimostrato di poter lanciare scariche elettriche, e raggi di plasma analogamente a Ciclope, Havock e Sole Ardente. Avendo mente sgombra e tempo a disposizione, Magneto sarebbe capace di fermare la rotazione galattica della terra, spostare palazzi con la sua mente, attraverso campi di forza elettromagnetica. Inoltre i suoi campi elettromagnetici di protezione sono immuni a qualsiasi tipo di forma di energia: plasmatica, solare ,o magnetica. Tralasciando però le forze mentali e le onde d ùrto'urto proiettate con una notevole forza plasmatica.
L'insolita abilità di resistere alla telepatia è stata oggetto di varie speculazioni risultanti in diverse spiegazioni: essa sarebbe garantita dallo speciale elmetto che indossa la cui tecnologia garantirebbe le barriere psichiche che frequentemente utilizza.
I suoi poteri sono di livello così tanto alto che nemici come Wolverine e Colossus (per le loro caratteristiche metalliche) non possono nulla contro di lui (anche se una volta è stato messo in seria difficolta da Colossus nel corpo a corpo quando si era tolto la corazza mutante). La sua classe è quattro e il livello è Omega.
Non inerente alla sua mutazione è l'incredibile intelletto del quale ha fatto mostra in varie occasioni creando armi, stazioni spaziali o esseri viventi attingendo alle sue conoscenze di ingegneria, fisica e genetica, ed infatti chi non poteva essere capo della Confraternita se non lui, che li guida in ogni cosa, anche come leader in battaglia se necessario. Benché sia abile nel combattimento corpo-a-corpo preferisce fare uso dei suoi poteri quando lotta.
