La loro prima versione pubblicata sfruttò una simmetria rotazionale e riflettente ed anche particolari cambiamenti nella costruzione di una tabella con 15 configurazioni univoche. Tuttavia, nell'elaborazione delle facce, ci sono alcuni casi ambigui.<ref>{{cite book Cita libro|titletitolo=The Marching Cubes |url=http://users.polytech.unice.fr/~lingrand/MarchingCubes/algo.html}}</ref> Questi casi ambigui possono portare a meshing con fori. Topologicamente parlando, correggere isosuperfici può comportare uno sforzo supplementare.<ref name="citeseerx.ist.psu.edu">{{cite book Cita libro|titletitolo=Marching Cubes 33: Construction of Topologically Correct Isosurfaces |url=http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/summary?doi=10.1.1.56.7139}}</ref>
Il problema si viene a creare per i casi in presenza di segno doppio, dove si riscontrano almeno due scelte corrette per il quale il profilo è valido. La scelta reale non importa, ma deve essere topologicamente coerente. I casi primari portano a scelte coerenti, ma il cambiamento di segno può comportare errori. La tabella estesa in<ref name="citeseerx.ist.psu.edu"/> mostra 33 configurazioni.
Le ambiguità sono state migliorate con lo sviluppo di nuovi algoritmi come nel 1991 [[asymptotic decider]] di Nielson e Hamann<ref>{{citeCita journalpubblicazione|last1cognome1=Nielson|first1nome1=Gregory M.|last2cognome2=Hamann|first2nome2=B.|titletitolo=The asymptotic decider: resolving the ambiguity in marching cubes|journalrivista=Proceeding VIS '91 Proceedings of the 2nd conference on Visualization '91|yearanno=1991|url=http://dl.acm.org/citation.cfm?id=949621}}</ref> il quale corresse queste anomalie.<ref name="HansenJohnson2004">{{citeCita booklibro|author1autore1=Charles D. Hansen|author2autore2=Chris R. Johnson|titletitolo=Visualization Handbook|url=http://books.google.com/books?id=ZFrlULckWdAC&pg=PA9|yearanno=2004|publishereditore=Academic Press|isbn=978-0-12-387582-2|pagep=9}}</ref><ref name="DykesMacEachren2005">{{citeCita booklibro|author1autore1=A. Lopes|author2autore2=K. Bordlie|chaptercapitolo=Interactive approaches to contouring and isosurfaces for geovisualization|editorcuratore=Jason Dykes|editor2curatore2=Alan M. MacEachren|editor3curatore3=M. J. Kraak|titletitolo=Exploring Geovisualization|url=http://books.google.com/books?id=gUza-nsEwioC&pg=PA352|yearanno=2005|publishereditore=Elsevier|isbn=978-0-08-044531-1|pagespp=352–353}}</ref> Diverse altre analisi di ambiguità e miglioramenti relativi sono stati proposti da allora; vedasi l'indagine del 2005 di Lopes e Bordlie, per esempio.<ref name="DykesMacEachren2005"/>
