Nel contempo, questo controllo della natura richiede un'attività umile per conoscerla: <<alla natura si comanda ubbedendole>>, partendo da un metodo che segue le sue indicazioni, ossia le differenze e i distinguo che la natura ci suggerisce, per poi scoprire le identità.
Il metodo baconiano prevede la compilazione da parte dello [[scienziato]] di una "tabula presentiae" in cui registra tutte le condizioni presenti quando si verifica il fenomeno; una "tabula deductionis sive absentiae in proximo" in cui elenca tutte le situazioni con condizioni uguali o simili in cui il fenomeno non si è verificato, per ragioni che ancora sono evidentemente ignote; una "tabula graduum" in cui registra le misure, l'intensità con la quale si è manifestato.
E' chiaramente presente in questo suo metodo il carattere di misurabilità e riproducibilità delle osservazioni che attualmente il [[metodo sperimentale]] impone per tutti i contenuti scientifici.
Il metodo si struttura in tre fasi di "prima vindemiatio" per eliminare le ipotesi che portano a contraddizione e non sono verificabili. Una seconda fase di "instantia prerogativae" che fra le ipotesi coerenti e possibili, scarta quelle che tuttavia non sono reali. Infine, un "instantia crucialis", che <<interroga la natura in modo da costringerla a rispondere sì o no>>, come già affermavano i filosofi della natura nel 1400.
