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Il rinoceronte di Giava è un animale solitario, fatta eccezione per le coppie riproduttive e le madri con i piccoli. Talvolta più esemplari si radunano in piccoli gruppi presso gli affioramenti di sale e le pozze di fango. Sguazzare nel fango è un comportamento comune a tutti i rinoceronti; quest'attività consente loro di mantenere fresca la temperatura corporea e aiuta a prevenire malattie e infestazioni di parassiti. Generalmente il rinoceronte di Giava non scava da sé le proprie pozze di fango, preferendo di gran lunga utilizzare quelle scavate da altri animali o quelle che si creano in avvallamenti naturali, che poi adatta alle proprie dimensioni raspando con il corno. Anche gli affioramenti di sale sono molto importanti, dati i nutrienti essenziali che il rinoceronte ricava dal sale. I territori dei maschi - di 12-20 km² - sono più estesi di quelli delle femmine - di circa 3-14 km². I territori dei maschi si sovrappongono molto meno tra loro rispetto a quelli delle femmine. Non sappiamo se vi siano combattimenti territoriali<ref name="IZY">{{cita libro|periodico=International Zoo Yearbook|anno=2006|volume='''40''' (1)|pagine=150-173|titolo=Rhinoceros behaviour: implications for captive management and conservation|autore=M. Hutchins and M. D. Kreger|editore=[[Società zoologica di Londra|Zoological Society of London]]|doi= 10.1111/j.1748-1090.2006.00150.x}}</ref>.
I maschi [[Territorio (biologia)|marcano i loro territori]] con pile di escrementi e [[Minzione|schizzi di urina]]. Sembra che anche grattare il terreno con i piedi e piegare alberelli siano pratiche usate ai fini della comunicazione. I membri di altre specie di rinoceronte hanno la peculiare abitudine di defecare in imponenti latrine comuni e di raspare poi con le zampe posteriori negli escrementi. I rinoceronti di Sumatra e di Giava, quando defecano in pile, non vi immergono poi le zampe. Si ritiene che il motivo di questa variazione nel comportamento sia di natura ecologica; nelle umide foreste di Giava e Sumatra, tale metodo, infatti, non sarebbe affatto utile per diffondere gli odori<ref name="IZY"/>.
The Sunda rhino is much less vocal than the Sumatran; very few Sunda rhino vocalizations have ever been recorded. Adults have no known predators other than humans. The species, particularly in Vietnam, is skittish and retreats into dense forests whenever humans are near. Though a valuable trait from a survival standpoint, it has made the rhinos difficult to study.<ref name="Santiapillai" /> Nevertheless, when humans approach too closely, the Sunda rhino becomes aggressive and will attack, stabbing with the incisors of its lower jaw while thrusting upward with its head.<ref name="IZY" /> Its comparatively antisocial behavior may be a recent adaptation to population stresses; historical evidence suggests they, like other rhinos, were once more gregarious.<ref name="CG" />
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