Rosetta@home: differenze tra le versioni

Contenuto cancellato Contenuto aggiunto
Foldit: correzione "rilasciato"
Aggiornati i dati
Riga 17:
|SitoWeb = http://boinc.bakerlab.org/rosetta
}}
'''Rosetta@home''' è un progetto di [[calcolo distribuito]] per la previsione della struttura delle [[proteine]] sulla piattaforma [[BOINC]] (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), svolto al Baker laboratory all’[[Università di Washington]]. Rosetta@home si propone di prevedere le interazioni proteina-proteina e di progettare nuove proteine con l'aiuto di 373,024 volontari, 1,190,556 computer, per una potenza di calcolo totale di 154.443278 [[FLOPS|TeraFLOPS]] in media (alla data del 1529 febbraiodicembre 20142015)<ref name="BOINCstats_RosettaOverview">{{Cita web | titolo=Rosetta@home: Credit overview | autore=de Zutter W | url=http://boinc.bakerlab.org/rosetta/|accesso=14 dicembre 2011}}</ref>. [[Foldit]], un videogioco di Rosetta@home, mira a raggiungere questi obiettivi con un approccio di "crowdsourcing". Benché il grosso del progetto sia orientato verso la [[ricerca scientifica|ricerca di base]] per migliorare la precisione e la robustezza dei metodi di [[proteomica]], Rosetta@home fa anche ricerca applicata sulla [[malaria]], la [[malattia di Alzheimer]] e altre patologie.<ref>{{Cita web | titolo=What is Rosetta@home? |sito=Rosetta@home forums| editore=University of Washington |accesso=7 settembre 2008| url=http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_about.php}}</ref>
 
Come tutti i progetti BOINC, Rosetta@home utilizza le potenzialità di elaborazione inutilizzate dai computer dei volontari, per eseguire calcoli su unità di lavoro individuali. I risultati ottenuti vengono inviati a un [[server]] centrale del progetto, dove vengono convalidati ed inseriti nelle banche dati del progetto. Il progetto è multi piattaforma, e gira su una vasta gamma di configurazioni [[hardware]]. Gli utenti possono vedere il progresso delle loro previsioni della struttura della proteina sullo screensaver di Rosetta@home.
Riga 24:
 
==La piattaforma di calcolo==
Sia l'applicazione Rosetta@home che la piattaforma di calcolo distribuito BOINC sono disponibili per Microsoft Windows, Linux e Macintosh (BOINC è disponibile anche per diverse altre piattaforme, come ad esempio FreeBSD). La partecipazione a Rosetta@home richiede un'unità centrale di elaborazione ([[CPU]]) con una velocità di clock di almeno 500 [[MHz]], 200 megabyte di spazio libero sul disco, 512 megabyte di memoria [[RAM]] e una connessione a Internet. Al 2029 giugnodicembre 20102015, la versione dell'applicazione Rosetta Mini è la 53.9865 per Windows e la versione3.67 dell'applicazione Rosetta Mini è laper 2.14Linux. La versione di BOINC consigliata è la 67.106.569. Lo standard HTTP (porta 80) viene utilizzato per la comunicazione tra il client BOINC dell'utente e i server di Rosetta@home all'Università di Washington; HTTPS (porta 443) è usato durante lo scambio di password. Il controllo remoto e locale del client BOINC usa le porte 31.416 e 1043, che potrebbero aver bisogno di essere specificamente sbloccate se sono sotto un firewall. Le unità di lavoro (Workunits), che contengono dati sulle singole proteine, sono distribuite dai [[server]] situati nel laboratorio Baker all'Università di Washington ai computer dei volontari, i quali calcolano una previsione della struttura per la proteina assegnata. Per evitare previsioni di struttura duplicate su una data proteina, ogni Workunit viene inizializzata con dei numeri casuali. Questo dà ad ogni previsione una traiettoria unica di discesa lungo il panorama energetico della proteina. Le previsioni di struttura su Rosetta@home sono approssimazioni di un minimo globale nel paesaggio energetico di una data proteina. Questo minimo globale rappresenta la conformazione più energicamente favorevole della proteina, cioè il suo stato nativo.
 
Una caratteristica principale dell'interfaccia grafica ([[GUI]]) di Rosetta@home è un [[salvaschermo]] che mostra il progresso della workunit in esecuzione durante il processo di folding simulato. Nell'angolo in alto a sinistra dello screensaver, la proteina bersaglio è mostrata mentre adotta forme diverse (conformazioni) durante la ricerca della sua struttura a più bassa energia. Raffigurata subito a destra c'è la struttura più recente accettata. In alto a destra è mostrata la conformazione a più bassa energia finora trovata, al di sotto c'è la vera, o nativa, struttura della proteina, se è già stato determinata sperimentalmente. Tre grafici sono inclusi nello screensaver. Al centro, un grafico indica l'energia libera accettata, la quale fluttua via via che il modello accettato cambia. Un grafico della ''root mean square deviation'' (RMSD) del modello accettato, che misura quanto il modello accettato sia strutturalmente simile al modello originario, viene visualizzato a destra. Sulla destra del grafico dell'energia e sotto il grafico RMSD, i risultati di queste due funzioni vengono utilizzati per produrre il riquadro energia vs RMSD, mentre il modello viene progressivamente raffinato.
Riga 105:
 
===Folding@home===
Di tutti i principali progetti di [[calcolo distribuito]] coinvolti nella ricerca sulle proteine, [[Folding@home]] è l'unico a non utilizzare la piattaforma [[BOINC]]. Sia Rosetta@home che Folding@home fanno ricerca su malattie legate al misfolding delle proteine (ad esempio la malattia di [[Alzheimer]]), ma Folding@home lo fa in modo più esclusivo. Invece di utilizzare metodi basati sulla struttura o il design per prevedere il comportamento, per esempio, dell'[[amiloide]], Folding@home usa la dinamica molecolare per fare dei modelli su come le proteine si ripiegano (o potenzialmente mal-ripiegano e successivamente aggregano). In altre parole, la forza di Folding@home è la modellazione del processo di folding delle proteine, mentre la forza di Rosetta@home è la previsione della struttura delle proteine e delle loro interazioni, oltre che il design di nuove proteine. I due progetti differiscono anche in modo significativo per la loro potenza di calcolo e la diversità di hardware usato. A una media di circa 815,0 [[FLOPS|PetaFLOPS]] (800015000 TeraFLOPS) con una base hardware che comprende [[PlayStation 3]] e [[schede video]], Folding@home ha quasi 8255 volte la potenza di calcolo di Rosetta@home, che in media si aggira sui 130270 [[FLOPS|TeraFLOPS]] con una base costituita esclusivamente da [[CPU]].
 
===World Community Grid===