La storia della serie non si articola in saghe ma in singoli episodi, seppur legati fra loro da un unico filo conduttore.
Durante questa serie si sviluppano le storie d'amore tra Tony Stark (Iron Man) e Natasha ([[Ultimate Vedova Nera|Vedova Nera]]), cha accetta di soparesposare Stark, e tra Capitan America e Wasp, tra cui cominciano comunque a insorgere difficoltà relative alla differenza di età. Inoltre Thor, considerato un pazzo da tutti, viene rinchiuso nel Triskelion. Non si sa con esattezza se ciò sia dovuto all'intervento del malvagio fratellastro Loki, ma di certo Thor era intervenuto violentemente per salvare alcuni manifestanti pacifici in Italia. Successivamente anche Cap viene imprigionato perché considerato responsabile della morte di Occhio di Falco,. Invece si scoprirà che la colpevole era la Vedova Nera, infiltrata negli Ultimates ma appartenente ai Liberatori, un supergruppo formato da superumani di ogni nazione fondato appositamente per contrastare ed eliminare l'egemonia politica e commerciale [[Stati Uniti d'America|statunitense]] fortemente sostenuta, secondo la teoria degli oppositori, dagli Ultimates. Occhio di Falco ha visto morire la sua famiglia ed è stato catturato per essere torturato per fornire informazioni. La vedova nera ha ucciso Jarvis, il maggiordomo di Tony, ma quest'ultimo è riuscito a neutralizzarla grazie ai naniti che le aveva inserito in corpo e che le permettevano di controllare l'armatura nera. Xavier è entrato in contatto con la mente di Galactus, ma non è riuscito a danneggiarla. Richards sta costruendo quella che ritiene l'arma assoluta. Falcon e Cap stanno combattendo contro gli araldi di Galactus e contro Silver Surfer.
