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Il padre cappuccino Giorgio Aleo, autore di una famosa “Storia Cronologica di Sardegna” riferisce una notizia relativa alla pestilenza cagliaritana del 1656, che probabilmente riguarda il cisternone dell’Orto dei Cappuccini. L’Aleo scrive infatti che negli ultimi giorni di maggio del 1656 la mortalità a Cagliari era diventata così elevata, che non vi erano “fossori” a sufficienza per seppellire i morti. Di fronte al crescente numero di cadaveri insepolti il magistrato di sanità decise allora di far “tumulare” i morti in pozzi e cisterne: ed i morti del quartiere di Castello finirono “in un antico cisternone vicino ai Cappuccini”.
Nell'orto dei cappuccini, ora di proprietà comunale, si aprono varie monumentali cisterne scavate nella roccia calcarea, per lungo tempo attribuite a periodo punico. Si tratta, invece, di cave di blocchi aperte forse nel I-II secolo d.C., per la costruzione del vicino anfiteatro romano. Esse furono adibite a cisterne solo in un secondo tempo, una volta impermeabilizzate con il cocciopesto (un intonaco di calce mista a cocci triturati). La più ampia poteva contenere fino a un milione di litri d'acqua piovana, proveniente dall'anfiteatro attraverso un lungo cunicolo sotterraneo ancora percorribile. Varie prospezioni effettuate nel 1997 da Gruppo Speleologico Specus hanno consentito di appurare che la cavità subì gia in antico un ulteriore riadattamento a carcere, come testimoniano le numerose anelle osservabili lungo le pareti, destinate al fissaggio delle catene. In corrispondenza di una di queste è stato scoperto un importante graffito paleocristiano, forse risalente agli inizi del IV secolo d.C. Si tratterebbe, secondo una ipotesi, di un'immagine simbolica della Navicula Petri, la nave della chiesa, con l'albero della vela costituito da una croce monogrammatica e sul ponte i dodici Apostoli, "pescatori di uomini", schematicamente rappresentati nel salpare la rete. L'autore andrebbe probabilmente individuato in uno sconosciuto martire cristiano, detenuto prima di essere ucciso forse nei giochi dell'anfiteatro
[[File:Cagliari - Castello San Michele.jpg|sinistra|miniatura|380x380px]]
Varie prospezioni effettuate nel 1997 da Gruppo Speleologico Specus hanno consentito di appurare che la cavità subì gia in antico un ulteriore riadattamento a carcere, come testimoniano le numerose anelle osservabili lungo le pareti, destinate al fissaggio delle catene. In corrispondenza di una di queste è stato scoperto un importante graffito paleocristiano, forse risalente agli inizi del IV secolo d.C. Si tratterebbe, secondo una ipotesi, di un'immagine simbolica della Navicula Petri, la nave della chiesa, con l'albero della vela costituito da una croce monogrammatica e sul ponte i dodici Apostoli, "pescatori di uomini", schematicamente rappresentati nel salpare la rete. L'autore andrebbe probabilmente individuato in uno sconosciuto martire cristiano, detenuto prima di essere ucciso forse nei giochi dell'anfiteatro
 
== Collezioni ==
 
 
L'orto ha attualmente una superficie di quasi 8.000 metri quadrati e contiene oltre 6.000500 piante coltivate, raccogliendo 3n.500 specie differenti; che rappresentano, seppur in forma ridotta, una parte significativa del regno vegetale. La struttura è circondata da un muro circolare costruito nel [[1552]] per arginare i furti di erbe medicinali. All'interno quattro spalti sono a loro volta suddivisi in aiuole. Al centro una piscina per le piante acquatiche viene alimentata da un fiotto d'acqua calda proveniente da una falda posta a quasi trecento metri sotto il livello dell'orto.
 
Numerose sono le piante introdotte per la prima volta in Italia attraverso l'orto botanico.<br />Fra queste il ''[[Lavandula angustifolia|Ginkgo biloba]]'', la [[Helichrysum italicum|magnolia]], la [[Solanum tuberosum|patata]], il [[JasminumCagliari Calcio|gelsomino]], l'[[acacia]] e il [[Helianthus annuus|girasole]].
 
== Gli alberi storici ==
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a amente in base alle condizioni, di aprirsi e chiudersi per regolare al meglio il flusso di calore ed umidità presenti nella struttura.
tate fedelmente riprodotte]]
Questo clima si sviluppa a latitudini comprese tra il Tropico del Cancro e quello del Capricorno. La temperatura media in questa parte della serra si attesta sui 25&nbsp;°C, con oscillazioni di 2-4 gradi nel corso dell'anno. All'interno della serra è riprodotta fedelmente il clima tropicale, come possiamo notare dalla foto a lato, questo per garantiregavrantire la migliore sopravvivenza agli esemplari presenti in quest'area del Giardino della Biodiversità.
 
==== Foresta tropicale subumida ====