[[File:Naxos towns.jpg|thumb|right|150px|Mappa di Nasso e la sua città capitale]]
Quando gli Ioni e Persiani sbarcarono a Nasso, trovarono una città ben fortificata e fornita di cibo<ref name = V34/>. Erodoto non lo dice esplicitamente, ma probabilmente la città era l'[[eponimo<ref>Ossia che il nome della capitale si estendeva anche a tutta l'isola {{vedi anche|Eponimo}}</ref>]] dell'isola stessa. Egli fornisce alcuni dettagli delle azioni militari che seguirono, anche se vi si intravede un attacco subitaneo, subito respinto<ref name = V34/>. Gli Ioni e Persiani quindi si stabilirono per assediare la città. Tuttavia, dopo quattro mesi senza risultati, i Persiani avevano finito i soldi, e anche Aristagora aveva oramai speso una grande quantità di danaro<ref name = V34/>. Demoralizzati dal non riuscire a vedere come concretizzare l'assedio, risolsero per un ritorno in patria, in Asia Minore, a mani vuote. Prima di abbandonare l'isola definitivamente, costruirono una roccaforte per gli oligarchi nassi esiliati<ref name = V34/>. Il costruire roccaforti, prima di abbandonare un assedio, costituiva una strategia tipica fra i Greci dell'epoca, lasciando sul territorio una base verso cui tornare nel caso in cui i tempi maturassero a favore<ref name = board>Boardman ''et al'', [http://books.google.co.uk/books?id=nNDpPqeDjo0C&pg=RA2-PA485&dq=Battle+of+Pedasus+497+BC&ei=Kj3rSZCZD6b0ygSIn_SYBQ pp. 481–490.]</ref>
