I bulbo dello zafferano è molto sensibile all'azione dei funghi parassiti. Un bulbo infestato dal ''[[Fusarium oxysporum]]'' non riesce a generare fiori e appassisce in breve tempo. Per evitare che l'intera coltivazione si infesti è necesario eliminare immediatamente i bulbi malati, oppure ricorrere alla cura dei bulbi con prodotti fungicidi.
AltriUn parassitialtro dellapericolo piantaper sonole glicoltivazioni di zafferano è rappresentato dagli animali selvatici che si nutrono del bulbo come il [[Mus musculus|topo]], il [[rattus|ratto]], l'[[Hystrix cristata|istrice]] ede il [[cinghiale]]. Il topo non è in grado di scavare il terreno, ma è molto dannoso nel momento in cui i bulbi vengono prelevati dal terreno e conservati in attesa della nuova coltivazione. L'istrice ed il cinghiale sono capaci di scavare il terreno, la presenza di questi animali rende quindi necessaria la costruzione di una valida recinzione a protezione della coltura.
