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* Cy 3 e Cy5 sono i più adoperati, tipicamente sfruttati assieme per una rilevazione in 2 colori.<br>
[[File:Cy3_Cy5_dyes.gif|destra|300x300px]]
'''Cy3''' fluoresce tra il giallo e il verde (~550 [[Nanometro|nm]] di eccitazione, ~570 nm di emissione), mentre '''Cy5''' è fluorescente nel rosso (~650 di eccitazione, 670 nm di emissione).<ref>{{
Cy5 è divenuto tanto popolare da rimpiazzare tutti i coloranti sul rosso-lontano grazie all'elevato coefficiente di estinzione molare (può essere rilevato fino ad 1nmol di campione ad occhio nudo su gel [[elettroforesi]]) e grazie al suo massimo di emissione nella regione rossa, dove molti CCD detector hanno il massimo di sensibilità e i campioni biologici hanno il minimo rumore di fondo.
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